为arm构建镜像以使Docker工作

Question

我正在尝试运行使用 Docker 的生物信息学管道（Nextflow - Eager），但由于我有 Mac M1 芯片，它无法工作，并且收到此错误消息：

Command error:
  WARNING: The requested image's platform (linux/amd64) does not match the detected host platform (linux/arm64/v8) and no specific platform was requested

我知道我应该为手臂构建图像，但我不确定我做得是否正确。 我尝试

vim ~/.nextflow/config

并添加

docker.runOptions = '-u $(id -u):$(id -g) --platform=linux/amd64'

，然后使用以下命令再次运行管道：

nextflow run nf-core/eager -r 2.4.6 -profile test,docker

但我仍然收到此错误：

Execution cancelled -- Finishing pending tasks before exit
Error executing process > 'adapter_removal (JK2782_L1)'
Caused by:
 Process exceeded running time limit (10m)
Command executed:
 mkdir -p output
  
 AdapterRemoval --file1 JK2782_TGGCCGATCAACGA_L008_R1_001.fastq.gz.tengrand.fq.gz --file2 JK2782_TGGCCGATCAACGA_L008_R2_001.fastq.gz.tengrand.fq.gz --basename JK2782_TGGCCGATCAACGA_L008_R1_001.fastq.gz.tengrand.fq_L1.pe --gzip --threads 2 --qualitymax 41 --collapse --trimns --trimqualities --adapter1 AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC --adapter2 AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTA --minlength 30 --minquality 20 --minadapteroverlap 1
  
 cat *.collapsed.gz *.collapsed.truncated.gz *.singleton.truncated.gz *.pair1.truncated.gz *.pair2.truncated.gz > output/JK2782_TGGCCGATCAACGA_L008_R1_001.fastq.gz.tengrand.fq_L1.pe.combined.tmp.fq.gz
  
 mv *.settings output/
  
 ## Add R_ and L_ for unmerged reads for DeDup compatibility
 AdapterRemovalFixPrefix -Xmx4g output/JK2782_TGGCCGATCAACGA_L008_R1_001.fastq.gz.tengrand.fq_L1.pe.combined.tmp.fq.gz | pigz -p 1 > output/JK2782_TGGCCGATCAACGA_L008_R1_001.fastq.gz.tengrand.fq_L1.pe.combined.fq.gz
Command exit status:
 -
Command output:
 (empty)
Command error:
 WARNING: The requested image's platform (linux/amd64) does not match the detected host platform (linux/arm64/v8) and no specific platform was requested
 Trimming paired end reads ...
 Opening FASTQ file 'JK2782_TGGCCGATCAACGA_L008_R1_001.fastq.gz.tengrand.fq.gz', line numbers start at 1
 Opening FASTQ file 'JK2782_TGGCCGATCAACGA_L008_R2_001.fastq.gz.tengrand.fq.gz', line numbers start at 1
  
 Processed a total of 20,000 reads in 1.0s; 19,000 reads per second on average ...
Work dir:
 /Users/valentina/test2/work/11/83eeaec751248909302745eca1e24f
Tip: when you have fixed the problem you can continue the execution adding the option `-resume` to the run command line

我该如何修复它？谢谢

Answer 1

Mac M1 是 ARM64 处理器，但

nfcore/eager

仅适用于 AMD64。 M1 应该也能够运行 AMD64 映像，这要归功于名为 Rosetta 的模拟器（请参阅此页），但有人说（请参阅此页）：

您永远不会满意在 Mac 上的 Docker 中使用任何 amd64 组件 M1。 Docker Desktop（并且只有 Docker Desktop）出了问题 尝试能够运行amd64组件，但是确实不行 一般情况下。

至少您应该验证您是否拥有最新版本的 Docker Desktop 以及 Rosetta 模拟器或安装它； Rosetta 的安装可以通过以下方式完成：

softwareupdate --install-rosetta

如 Docker 文档中所述。请注意，我没有 Mac，所以我无法更具体地讨论这个主题。我也不知道你正在使用的生物信息学工具，所以我无法确认强制使用 AMD64 图像的正确方法是编辑~/.nextflow/config

，但似乎答案是否定的，因为错误消息仍然显示“否”已请求特定平台”。

由于您不是直接运行 Docker，而是通过另一个名为

nextflow

 的工具运行，您可以尝试使用本页

建议的解决方案： export DOCKER_DEFAULT_PLATFORM=linux/amd64

另一种解决方案是为 ARM64 重建映像，但这不是一项简单的任务。我成功重建 AMD64 映像，但 ARM64 映像出现错误：似乎未满足某些先决条件，但如果不知道这个生物信息学工具，我就无法做更多事情。