我想要一些帮助。
我有一个21行的矩阵和一个先前未定义的列数（取决于输入）。每个单元格都有一个数字，表示该行元素在同一列中出现的次数。
structure(c(7L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 29L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
35L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 35L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L,
0L, 0L, 28L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 37L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 29L, 0L, 3L, 1L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 7L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 28L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 34L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 2L, 22L, 1L, 3L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 4L, 0L,
28L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 37L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 36L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 32L, 6L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 28L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 2L, 5L, 0L,
0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 31L, 1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 1L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 1L, 0L, 30L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 39L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 1L, 4L, 0L, 5L, 3L,
0L, 2L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 12L, 4L, 0L, 0L, 0L, 4L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 35L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L,
21L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 3L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 38L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 36L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 31L, 0L, 0L, 0L,
0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 6L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 28L,
2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
2L, 0L, 29L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 31L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L,
28L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 5L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 36L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 34L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L,
0L, 36L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 39L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 36L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 29L, 0L, 6L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 3L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 3L, 1L, 1L, 0L,
0L, 28L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 39L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 33L, 0L, 2L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L), .Dim = c(22L,
36L), .Dimnames = list(c("-", "A", "C", "D", "E", "F", "G", "H",
"I", "K", "L", "M", "N", "P", "Q", "R", "S", "T", "V", "W", "X",
"Y"), NULL))
这是来自MultipleAlignment包的Biostring对象，但我不关心对象的类型，我可以随时转换它。
我想从这个中提取矩阵，其中我只有列，其中相同的元素（一行）代表列的x％。
像value on cell / sum values in a column之类的东西。例如，在第6列，W出现29次，此列中的值之和为39，表示超过74％或0.74（频率），因此如果我的截止值为cutoff >= 0.7，则它包含在最终矩阵中。
有一种简单的方法可以做到这一点。
我更喜欢BioConductor包（如Biostring），tidyverse甚至R base。
提前致谢。
这是一个选项，其中mat是您提供的输入：22x36矩阵
thres <- 0.7
out <- mat[, colSums((mat / colSums(mat)) >= thres) > 0]
你要删掉三列
dim(out)
# [1] 22 33
我们的想法是将矩阵除以列和，并检查结果是否大于或等于0.7。这给出了逻辑矩阵。然后我们可以再次计算列总和，并且只保留我们至少有一个TRUE的列。
使用@ d.b提供的apply的另一个想法。在评论中
mat[, apply(mat, 2, function(x) any((x/sum(x)) > thres))]