从 CRAN 安装 R 包不包括 Bioconductor 包

Question

我在 CRAN 上有一个 R 包。当我使用

install.packages("mypackage")

安装它时，我收到警告消息

Warning in install.packages : dependencies ‘x’, ‘y’ are not available

，其中 x 和 y 是 Bioconductor 上的包。这导致我的包中使用 x 和 y 函数的函数不起作用。

这个问题似乎突然出现（也许是当我更新自己的 R 版本时？），并且只影响 Bioconductor 导入，而不影响 CRAN 导入。软件包 x 和 y 功能完美，如果我使用

BiocManager::install(c("x", "y"))

单独安装它们，我的软件包就会正常工作。我的包裹通过了 CRAN 的所有检查。正如建议的这里我的包裹里有

biocViews:

DESCRIPTION

。经过一些研究，我最好的猜测是，问题可能是由于 R 和 Bioconductor 版本之间的不匹配造成的，如here所述，尽管我不得不说，我并不完全理解这一点。

关于为什么我会遇到这个问题以及如何解决它有什么想法吗？目前，我最好的解决方案是在自述文件中添加可能需要单独下载 Bioconductor 包的说明，但这不是最佳解决方案。

Answer 1

您提到您已经更新了

版本，可能这个问题是由于版本更新造成的，因为更新

会为更新的

版本创建新的库目录，因此需要将软件包安装在新的库目录，我认为问题是由于这个。

但是，您可以使用

setRepositories(ind=1:2)

选择 CRAN 和 Bioconductor 作为安装包的存储库，也可以使用

setRepositories(graphics=F)

交互设置存储库来安装包。