Cytoscape 在读取 NetworkX 时缺少节点之间的一些边缘

Question

我试图用

NetworkX

来说明我在

Python

中创建的巨大图表，并使用

Cytoscape

来分析连接。我将

NetworkX

图形写入

.gml

格式文件，然后用

Cytoscape

打开它。

但是，某些节点缺少连接！

例如，我在节点

'50026'

和

'con_10_2362'

以及

'50026'

、

'con_10_1037'

之间有一条边。

但是当我查看

Cytoscape

模型时，节点

'50026'

和

'con_10_2362'

没有连接！既不在绘图上，也不在数据表中。

当我用

.htlm

将图形说明为

pyvis

文件时，节点已正确连接在那里。

我想使用

pyvis

，但在

Cytoscape

中我可以拖动节点并遵循不同的路径并通过鼠标移动节点，而在

.htlm

中我不能。我的猜测是在写入或读取 .gml 文件期间发生了一些事情。有人遇到过这个问题吗

Answer 1

如果没有看到实际的 .gml 文件，就很难诊断可能发生的情况。另一方面，如果您使用 py4cytoscape，则可以完全跳过 .gml 步骤，并将图形直接写入 Cytoscape 进行可视化。您仍然可以使用 NetworkX 来构建图表，或者直接创建节点和边。

此外，请随意发布 Cytoscape bug 并附加 .gml 文件，其中包含有关缺少哪些边的信息。这将使我们能够进行更深入的研究。