单引号中的单引号问题 - Bash 命令行 GNU 并行

Question

我是 Bash 命令行使用新手，需要了解在现有单引号内执行单引号的正确语法。

ls *file.fa | parallel -j4 'perl -pe 's/^>/>{}/' {} >newfile_{}'

我知道 GNU 并行命令并不是特别出名或使用，但我认为对于需要单引号内的单引号的不同命令，语法不会有所不同。该命令是将名为 file.fa 的文件中的 > 更改为 >file.fa（> 然后是文件名），其中 {} 包含从 ls *file.fa 部分通过管道传输的文件。

非常感谢任何帮助

Answer 1

GNU Parallel 中的引用是一门黑术。手册中有一整节专门用于引用。

结论：为了避免处理引用问题，编写一个小脚本或一个函数（记住导出 -f 函数）并让 GNU parallel 调用它可能会更容易。

在这种情况下我会写一个函数：

fasta_namer() {
  NAME=$1
  perl -pe "s/^>/>$NAME/" "$NAME" >newfile_"$NAME"
}
export -t fasta_namer
ls *file.fa | parallel -j4 fasta_namer {}

FASTA 文件名通常并不奇怪，但如果它们很奇怪（例如包含 ' " \ * & / 或其他疯狂的字符），那么这可能会解决它：

fasta_namer() {
  NAME=$1
  PERLQUOTED=$2
  NEWNAME=$3
  perl -pe "s/^>/>$PERLQUOTED/" "$NAME" >"$NEWNAME"
}
export -t fasta_namer
ls *file.fa | parallel -j4 fasta_namer {} '{=$_=quotemeta($_)=}' {.}.new.fa