我最近从Linux转向Mac OS。我在这台新机器上安装了vmd。当我键入以下内容时，vmd只加载没有任何分子：
vmd protein.gro
该* .gro文件包含蛋白质分子。我想像在Linux中一样打开这个文件：
*applicationname filename*
但它确实有效。通过vmd启动分子根本不起作用。我试图谷歌这个问题，但我找不到正确的答案。有没有人有同样的问题，能够解决它？
vmd是原生Mac应用程序吗？如果是这样，你应该能够使用open -a /path/to/vmd.app filename。
我认为这取决于应用程序本身，但也许可以试试这个。首先，使用终端找到应用程序的安装位置，如下所示：
which vmd
你应该找到它的路径。然后使用这样的路径：
open -a /path/to/vmd --args someMolecule.gro
可能有点迟，但无论如何。您只需要在bash_profile文件中添加一行。
bash_profile文件位于：
/Users/user-name/.bash_profile
（记得将用户名更改为您的真实用户名并记下文件名称开头的点）
在.bash_profile（或.profile）文件中添加：
alias vmd='csh /Applications/VMD\ 1.9.3.app/Contents/MacOS/startup.command.csh'
（对于不同版本的VMD，您需要更改实际VMD版本路径中的数字（1.9.3））。保存并关闭。
在此之后，再次获取.bash_profile（或.profile）文件，以便将更改合并到shell或只打开一个新的终端窗口。
现在你可以输入：
vmd my-gro-file.gro
就像在Linux中一样。