好的，我们在这里......我正在尝试在Windows 10上安装pygraphviz。这个问题在网上有很多解决方案，但还没有一个对我有用。我遇到的确切问题是通过jupyter笔记本 - >
[1] import networkx as nx
import pylab as plt
from networkx.drawing.nx_agraph import graphviz_layout
[2]G = nx.DiGraph()
G.add_node(1,level=1)
G.add_node(2,level=2)
G.add_node(3,level=2)
G.add_node(4,level=3)
G.add_edge(1,2)
G.add_edge(1,3)
G.add_edge(2,4)
nx.draw(G, pos=graphviz_layout(G), node_size=1600, cmap=plt.cm.Blues,
node_color=range(len(G)),
prog='dot')
plt.show()
在[2]后我得到以下错误：
ModuleNotFoundError Traceback (most recent call last)
C:\Users\name\Anaconda3\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_agraph.py
in
pygraphviz_layout(G, prog, root, args)
254 try:
--> 255 import pygraphviz
256 except ImportError:
ModuleNotFoundError: No module named 'pygraphviz'
和
ImportError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-86a15892f0f0> in <module>()
9 G.add_edge(2,4)
10
---> 11 nx.draw(G, pos=graphviz_layout(G), node_size=1600, cmap=plt.cm.Blues,
12 node_color=range(len(G)),
13 prog='dot')
C:\Users\name\Anaconda3\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_agraph.py in graphviz_layout(G, prog, root, args)
226
227 """
--> 228 return pygraphviz_layout(G,prog=prog,root=root,args=args)
229
230 def pygraphviz_layout(G,prog='neato',root=None, args=''):
C:\Users\name\Anaconda3\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_agraph.py in pygraphviz_layout(G, prog, root, args)
256 except ImportError:
257 raise ImportError('requires pygraphviz ',
--> 258 'http://pygraphviz.github.io/')
259 if root is not None:
260 args+="-Groot=%s"%root
ImportError: ('requires pygraphviz ', 'http://pygraphviz.github.io/')
这是我试图解决的问题
（1）常规pip安装：“pip install pygraphviz”这是我最后得到的错误。编辑我得到相同的错误，即使我以管理员身份运行cmd。
Command "C:\Users\name\Anaconda3\python.exe -u -c "import setuptools,
tokenize;__file__='C:\\Users\\name~1\\AppData\\Local\\Temp\\pip-build-
n81lykqs\\pygraphviz\\setup.py';f=getattr(tokenize, 'open', open)
(__file__);code=f.read().replace('\r\n', '\n');f.close();exec(compile(code,
__file__, 'exec'))" install --record C:\Users\name~1\AppData\Local\Temp\pip-
b3jz1lk5-record\install-record.txt --single-version-externally-managed --
compile" failed with error code 1 in C:\Users\name~1\AppData\Local\Temp\pip-
build-n81lykqs\pygraphviz\
（2）下载并安装graphviz-2.38.msi，然后下载64位版本的滚轮。这是结果。
C:\Users\name\Anaconda3>pip install pygraphviz-1.3.1-cp34-none-
win_amd64.whl
pygraphviz-1.3.1-cp34-none-win_amd64.whl is not a supported wheel on this
platform.
C:\Users\name\Anaconda3>pip install pygraphviz-1.3.1-cp27-none-
win_amd64.whl
pygraphviz-1.3.1-cp27-none-win_amd64.whl is not a supported wheel on this
platform.
我想尝试一下，但不确定如何正确做到：
编辑setup.py。我已经阅读了很多关于人们在改变路径时找到解决方案的内容，但我不确定如何做到这一点。这种方法看起来非常复杂。
感谢您的帮助/见解！
投票最多的答案似乎是安装graphviz，而不是pygraphviz。
如果您使用的是conda环境，可以尝试使用此频道：
conda install graphviz pygraphviz -c alubbock
我用networkx 2.1试了一下，它工作得很好。
在Windows 10 64位和Python 3.6上解决了它。
脚步：
C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin。pip install graphviz-0.8.3-py2.py3-none-any.whl更新了回购：[GitHub]: CristiFati/Prebuilt-Binaries - (master) Prebuilt-Binaries/Windows/PyGraphviz。 为Python添加了.whls（win_amd64，win32）：
对于Python 2.7，它们已经构建：[UCI.LFD]: Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages - PyGraphviz, an interface to the Graphviz graph layout and visualization package.。
笔记：
任何想要了解有关构建过程的更多详细信息的人，请继续阅读！
差不多2年后，问题（嗯，问题不完全如此）仍然存在。
我想首先强调两个包之间的区别：
在Anaconda环境中，[SO]: Installing PyGraphviz on Windows 10 64-bit, Python 3.6 (@TomHanks's answer)完美运作。
pygraphwiz只能下载一个存档（在本例中为.zip）文件，这意味着它包含（C / C ++）源。
关于包（.whls）的几个词，其名称包含cp34-none-win_amd64之类的东西（详情请查看[SO]: What does version name 'cp27' or 'cp35' mean in Python? (@WayneWerner's answer)）：
现在，许多软件包都有预先构建的二进制文件，用于在各种操作系统上运行的大多数常见Python版本（例如[PyPI]: mysql-connector-python - Download files），但正如许多软件包那样，并且只包含源代码。不幸的是，PyGraphviz属于第二类。对于后者，pip install将：
作为旁注：pip -v ...为当前命令启用详细模式，在遇到安装错误时非常方便。
回到我们的问题：Python 3.6需要VStudio 2015（[Python.Wiki]: WindowsCompilers）。 这是一个非常广泛的主题，我在以下部分介绍了：
您应该在继续之前检查它们并保持它们打开，因为您在接下来的步骤中肯定需要它们。
我安装了VStudio 2015社区（在许多其他版本中），你也应该安装它，它是免费的（[MS.VStudio]: Still want an older version?）。
PyGraphviz依赖于[Graphviz]: Graph Visualization Software。因此，在构建时，它将需要（部分）Graphviz（它也有自己的其他依赖项）已经构建。不幸的是，我找不到预建的二进制文件（有[Graphviz]: Windows Packages - graphviz-2.38.zip，但这没有帮助），所以它必须手动构建。
在继续之前：
[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> "e:\Work\Dev\VEnvs\py_064_03.06.08_test0\Scripts\python.exe" -c "import pygraphviz" Traceback (most recent call last): File "<string>", line 1, in <module> ModuleNotFoundError: No module named 'pygraphviz' [cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> dir /b other src
这是我的顶级目录，任何源都下载在src目录中，二进制文件将放在bin目录中。
在开始之前，我想提一下，我非常依赖Cygwin（你没必要），我的一些工具安装在那里，所以我将在Cygwin和cmd终端之间交替（这可能会令人困惑）。
[Graphviz]: Graphviz Build Instructions for Windows说：
在Windows上构建：
（Graphviz版本≥2.41）
首先，在存储库的根目录中，执行git submodule update --init。这将下载所有子模块，这些子模块主要是Windows构建的依赖项。接下来，将windows \ dependencies \ graphviz-build-utilities目录添加到PATH（并重新启动Visual Studio或之后执行msbuild的提示）。此文件夹包含Bison，Flex和SED（以及将来添加的）工具以及经过测试的版本。如果一切顺利，现在已设置依赖项，您可以构建Graphviz。
首先，我们需要下载所有内容：
[cfati@cfati-5510-0:/cygdrive/e/Work/Dev/StackOverflow/q045093811/src/graphviz]> git clone https://gitlab.com/graphviz/graphviz.git . Cloning into '.'... remote: Enumerating objects: 71728, done. remote: Counting objects: 100% (71728/71728), done. remote: Compressing objects: 100% (19331/19331), done. remote: Total 71728 (delta 52200), reused 71681 (delta 52157) Receiving objects: 100% (71728/71728), 163.79 MiB | 480.00 KiB/s, done. Resolving deltas: 100% (52200/52200), done. Checking out files: 100% (3870/3870), done. [cfati@cfati-5510-0:/cygdrive/e/Work/Dev/StackOverflow/q045093811/src/graphviz]> git submodule update --init Submodule 'dependencies/criterion' (https://github.com/Snaipe/Criterion.git) registered for path 'dependencies/criterion' Submodule 'windows/dependencies/graphviz-build-utilities' (https://github.com/ErwinJanssen/graphviz-build-utilities.git) registered for path 'windows/dependencies/graphviz-build-utilities' Submodule 'windows/dependencies/libraries' (https://github.com/ErwinJanssen/graphviz-windows-dependencies.git) registered for path 'windows/dependencies/libraries' Cloning into '/cygdrive/e/Work/Dev/StackOverflow/q045093811/src/graphviz/dependencies/criterion'... Cloning into '/cygdrive/e/Work/Dev/StackOverflow/q045093811/src/graphviz/windows/dependencies/graphviz-build-utilities'... Cloning into '/cygdrive/e/Work/Dev/StackOverflow/q045093811/src/graphviz/windows/dependencies/libraries'... Submodule path 'dependencies/criterion': checked out '301d143ea42c024f22b673b69c72a4cb3c8d151f' Submodule path 'windows/dependencies/graphviz-build-utilities': checked out '050fff84ce195e0740878748760fd801eeb07b23' Submodule path 'windows/dependencies/libraries': checked out '141d3a21be904fa8dc2ae3ed01d36684db07a35d' [cfati@cfati-5510-0:/cygdrive/e/Work/Dev/StackOverflow/q045093811/src/graphviz]> git show head commit 89292b5945933b1501293c04894ed9cf886241be (HEAD -> master, origin/master, origin/HEAD) Merge: 429d43615 97811bd35 Author: Stephen C North <[email protected]> Date: Mon Feb 4 08:09:40 2019 -0500 Merge branch 'wasbridge/graphviz-master' into HEAD [cfati@cfati-5510-0:/cygdrive/e/Work/Dev/StackOverflow/q045093811/src/graphviz]> git status On branch master Your branch is up to date with 'origin/master'. nothing to commit, working tree clean
你最终会得到一个含有~320 MiB东西的目录。 dir包含graphviz.sln文件，该文件是包含63个项目的VStudio（2015）解决方案文件。
看看Anaconda或Python 2.7 pygraphviz（内置）软件包，它只依赖于cgraph.dll，而cgraph.dll依赖于cdt.dll，因此只有2个项目与我们相关。请注意，这两个项目可能不需要所有的git子模块（因此dir可能会被削减），但我没有进一步调查。
不幸的是，这些项目仅配置为32位（Win32平台）。必须手动添加64位一个（我是从VStudio IDE中完成的 - 并且还在我引用的一个答案中描述了该过程）。保存项目后，它们将显示为由git修改：
[cfati@cfati-5510-0:/cygdrive/e/Work/Dev/StackOverflow/q045093811/src/graphviz]> git status On branch master Your branch is up to date with 'origin/master'. Changes not staged for commit: (use "git add <file>..." to update what will be committed) (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory) (commit or discard the untracked or modified content in submodules) modified: lib/cdt/cdt.vcxproj modified: lib/cgraph/cgraph.vcxproj modified: windows/dependencies/graphviz-build-utilities (modified content) no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")
第3项是因为我需要重置2个可执行文件的一些安全权限（在构建cgraph时使用）：
没有正确设置（很可能，因为Cygwin）。
您可以从IDE构建2个项目，但我选择命令行（[Ms.Docs]: MSBuild command-line reference），因为我发现它更灵活：
[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> "c:\Install\x86\Microsoft\Visual Studio Community\2015\vc\vcvarsall.bat" x64 [cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> set PATH=%PATH%;%CD%\src\graphviz\windows\dependencies\graphviz-build-utilities [cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> msbuild src\graphviz\lib\cdt\cdt.vcxproj /t:Rebuild /p:Platform=x64;Configuration=Release;SolutionDir=%CD%\src\graphviz\;OutDir=%CD%\bin\Win\dynamic\064\UCRTv140\md\Release\graphviz\ >build_cdt_064.txt 2>&1 [cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> echo %errorlevel% 0 [cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> dir /b bin build_cdt.txt other src [cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> msbuild src\graphviz\lib\cgraph\cgraph.vcxproj /t:Rebuild /p:Platform=x64;Configuration=Release;SolutionDir=%CD%\src\graphviz\;OutDir=%CD%\bin\Win\dynamic\064\UCRTv140\md\Release\graphviz\ >build_cgraph_064.txt 2>&1 [cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> echo %errorlevel% 0 [cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> dir /b "bin\Win\dynamic\064\UCRTv140\md\Release\graphviz" cdt.dll cdt.dll.lastcodeanalysissucceeded cdt.exp cdt.lib cgraph.dll cgraph.dll.lastcodeanalysissucceeded cgraph.exp cgraph.lib
因此，我们拥有所需的一切（2 .lib和2 .dll文件）以便继续。
PyGraphviz来源（从[GitHub]: pygraphviz/pygraphviz - (pygraphviz-1.5) pygraphviz-pygraphviz-1.5.zip下载并在src / pygraphviz / pygraphviz-pygraphviz-1.5中解压缩）。
Graphviz还需要进行一次调整（可能是作为另一个项目的一部分 - 安装步骤完成）：准备头文件：
[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> mkdir include\graphviz [cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> copy src\graphviz\lib\cdt\cdt.h include\graphviz 1 file(s) copied. [cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> copy src\graphviz\lib\cgraph\cgraph.h include\graphviz 1 file(s) copied.
不幸的是，由于[GitHub]: pygraphviz/pygraphviz - Python 3 support，PyGraphviz没有建立OOTB。要解决这个问题，必须使用[GitHub]: eendebakpt/pygraphviz - Workaround for PyIOBase_Type for Python2 on win。我修改它以使用当前源（因为它不起作用OOTB，以及：仅对于graphviz_wrap.cpp的X（）：
pygraphviz-1.5全pyiobase_b85d12ac22d39063f7dbcc396e825c563431e352.patch：
--- pygraphviz/graphviz_wrap.c.orig 2018-09-10 16:07:12.000000000 +0300
+++ pygraphviz/graphviz_wrap.c 2019-02-26 18:05:20.281741400 +0200
@@ -2988,7 +2988,18 @@
#if PY_VERSION_HEX >= 0x03000000
-extern PyTypeObject PyIOBase_Type;
+static PyObject *PyIOBase_TypeObj;
+
+static int init_file_emulator(void)
+{
+ PyObject *io = PyImport_ImportModule("_io");
+ if (io == NULL)
+ return -1;
+ PyIOBase_TypeObj = PyObject_GetAttrString(io, "_IOBase");
+ if (PyIOBase_TypeObj == NULL)
+ return -1;
+ return 0;
+}
#endif
@@ -3449,7 +3460,7 @@
{
#if PY_VERSION_HEX >= 0x03000000 || defined(PYPY_VERSION)
#if !defined(PYPY_VERSION)
- if (!PyObject_IsInstance(obj0, (PyObject *)&PyIOBase_Type)) {
+ if (!PyObject_IsInstance(obj0, PyIOBase_TypeObj)) {
PyErr_SetString(PyExc_TypeError, "not a file handle");
return NULL;
}
@@ -3523,7 +3534,7 @@
{
#if PY_VERSION_HEX >= 0x03000000 || defined(PYPY_VERSION)
#if !defined(PYPY_VERSION)
- if (!PyObject_IsInstance(obj1, (PyObject *)&PyIOBase_Type)) {
+ if (!PyObject_IsInstance(obj1, PyIOBase_TypeObj)) {
PyErr_SetString(PyExc_TypeError, "not a file handle");
return NULL;
}
@@ -6051,6 +6062,12 @@
SWIG_InstallConstants(d,swig_const_table);
+#if PY_VERSION_HEX >= 0x03000000
+ if (init_file_emulator() < 0) {
+ return NULL;
+ }
+#endif
+
PyDict_SetItemString(md,(char*)"cvar", SWIG_globals());
SWIG_addvarlink(SWIG_globals(),(char*)"Agdirected",Swig_var_Agdirected_get, Swig_var_Agdirected_set);
SWIG_addvarlink(SWIG_globals(),(char*)"Agstrictdirected",Swig_var_Agstrictdirected_get, Swig_var_Agstrictdirected_set);
这是一个差异（补丁）。请参阅[SO]: Run/Debug a Django application's UnitTests from the mouse right click context menu in PyCharm Community Edition? (@CristiFati's answer)（修补utrunner部分）了解如何在Win上应用补丁（基本上，每个以一个“+”符号开头的行都会进入，并且以“ - ”符号开头的每一行都会消失）。
[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> set _TOP_DIR=%CD% [cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> pushd src\pygraphviz\pygraphviz-pygraphviz-1.5 [cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811\src\pygraphviz\pygraphviz-pygraphviz-1.5]> pushd pygraphviz && "c:\Install\x64\Cygwin\Cygwin\AllVers\bin\patch.exe" -p 1 -buNi ..\pygraphviz-1.5-all-pyiobase_b85d12ac22d39063f7dbcc396e825c563431e352.patch && popd patching file graphviz_wrap.c [cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811\src\pygraphviz\pygraphviz-pygraphviz-1.5]> echo %errorlevel% 0 [cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811\src\pygraphviz\pygraphviz-pygraphviz-1.5]> "e:\Work\Dev\VEnvs\py_064_03.06.08_test0\Scripts\python.exe" setup.py install --include-path=%_TOP_DIR%\include --library-path=%_TOP_DIR%\bin\Win\dynamic\064\UCRTv140\md\Release\graphviz >%_TOP_DIR%\install_pygraphviz_064.txt 2>&1 [cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811\src\pygraphviz\pygraphviz-pygraphviz-1.5]> echo %errorlevel% 0 [cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811\src\pygraphviz\pygraphviz-pygraphviz-1.5]> popd [cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> set PATH=%PATH%;%CD%\bin\Win\dynamic\064\UCRTv140\md\Release\graphviz [cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> "e:\Work\Dev\VEnvs\py_064_03.06.08_test0\Scripts\python.exe" -c "import pygraphviz;print(dir(pygraphviz), \"\n\", pygraphviz.graphviz._graphviz)" ['AGraph', 'Attribute', 'DotError', 'Edge', 'ItemAttribute', 'Node', '__all__', '__author__', '__builtins__', '__cached__', '__date__', '__doc__', '__file__', '__license__', '__loader__', '__name__', '__package__', '__path__', '__revision__', '__spec__', '__version__', 'absolute_import', 'agraph', 'division', 'graphviz', 'print_function', 'release', 'test', 'tests', 'version'] <module '_graphviz' (e:\Work\Dev\VEnvs\py_064_03.06.08_test0\lib\site-packages\pygraphviz\_graphviz.cp36-win_amd64.pyd)>
如图所示，该模块已成功导入。
作为评论，导入模块时必须具有2 .dll依赖关系（来自上一节），因此将其dir添加到％PATH％。 当然这只是一个（跛脚）解决方法（获得），每次必须使用包时都不会发生这种情况。
我不知道（还）如何指示setup.py也将它们复制到包build / install目录中，所以作为替代方法（也是解决方法），必须在pygraphviz install dir中手动复制它们（在_graphviz.cp36旁边） -win_amd64.pyd，这是（在我的例子中）：“e：\ Work \ Dev \ VEnvs \ py_064_03.06.08_test0 \ lib \ site-packages \ pygraphviz”）。
由于整个过程很复杂，并且需要大量的手动干预和黑客攻击，因此我设法构建（使用较小的setup.py修改）（wheel）包。
我不知道一个简单的方法可以公开，所以（虽然我知道这是一个不好的做法，）我上传到[GitHub]: CristiFati/Prebuilt-Binaries - (master) Prebuilt-Binaries/Windows/PyGraphviz/pygraphviz-1.5-cp36-cp36m-win_amd64.whl。 你可以下载它，然后安装它（这是一种方式）：
"C:\Path\to\Python-3.6-amd64\pip" install "C:\Path\to\downloaded\pygraphviz-1.5-cp36-cp36m-win_amd64.whl"
注意：它也适用于Anaconda环境！
这对我有用：
C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin添加到PATH环境变量中。conda create --name digraphs python=3.4 anaconda。activate digraphs。pip install pygraphviz-1.3.1-cp34-none-win_amd64.whl安装pygraphviz。python ./gviz_simple.py。deactivate我在github上写了一些关于它的东西。它很乱，使用风险自负：https://github.com/darkhipo/Easy-Digraph-Draw