将3D DICOM卷从单个文件读取到numpy数组中

Question

我正在CentOS 7的Anaconda Spyder上使用Python 3.7.3。

我在单个文件中有一个3D DICOM卷：/usr/share/aliza/datasets/DICOM/00_MR/Tra_FLAIR.dcm

我正在尝试将其读入3D numpy数组，如here所述。

我尝试以下代码

import pydicom as dicom
import numpy as np

image=dicom.read_file('/usr/share/aliza/datasets/DICOM/00_MR/Tra_FLAIR.dcm')
image.pixel_array

此结果导致

Traceback (most recent call last):

  File "<ipython-input-28-85bf1e993c9b>", line 1, in <module>
    image.pixel_array

  File "/home/peter/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pydicom/dataset.py", line 1362, in pixel_array
    self.convert_pixel_data()

  File "/home/peter/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pydicom/dataset.py", line 1308, in convert_pixel_data
    raise last_exception

  File "/home/peter/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pydicom/dataset.py", line 1276, in     convert_pixel_data
    arr = handler.get_pixeldata(self)

  File "/home/peter/anaconda3/lib/python3.7/site-    packages/pydicom/pixel_data_handlers/pillow_handler.py", line 187, in get_pixeldata
    raise NotImplementedError(e.strerror)

NotImplementedError: None

我的理解是，python软件包dicom只是pydicom 0.9.9或更早的版本，当我搜索dicom here时，所有匹配都针对pydicom。>

我正在CentOS 7的Anaconda Spyder上使用Python 3.7.3。我在一个文件中有一个3D DICOM卷：/usr/share/aliza/datasets/DICOM/00_MR/Tra_FLAIR.dcm我正在尝试阅读它变成3D numpy ...

Answer 1

这很可能是图像处理程序（在这种情况下为Pillow）未处理压缩类型的问题。