使用不同的元数据保存 TIFF 堆栈

Question

我有多张来自显微镜的 numpy 数组照片，我想将它们存储在单个多堆栈 TIFF 文件中。它们代表相同的 XY 点，但高度不同。我希望每张幻灯片都有自己的元数据，其中存储特定于该照片的信息。 这就是我一直在尝试使用 tifffile 库的方法）：

metadata = {'x': 10.5, 'y': 7.5}
with tifffile.TiffWriter(filename, bigtiff=False, imagej=False) as tif_writer:
     for z_slice in xyz_stack:
         metadata["z"] = z_slice.z
         tif_writer.write(z_slice.numpy_array, description=json.dumps(metadata))

但这不起作用，因为它为所有切片提供了相同的描述。我怎样才能实现这个目标？

谢谢！ :)

Answer 1

对于显微镜图像，请考虑编写 OME-TIFF 文件。此示例编写一个 Z 堆栈，其中元数据指定每个帧的位置：

import numpy
from tifffile import TiffWriter

data = numpy.random.randint(0, 1023, (8, 256, 256), 'uint16')
pixelsize = 0.29  # micrometer
zpositions = [0.0, 1.1, 2.2, 3.3, 4.4, 5.5, 6.6, 7.7]
metadata = {
    'axes': 'ZYX',
    'SignificantBits': 10,
    'PhysicalSizeX': pixelsize,
    'PhysicalSizeXUnit': 'µm',
    'PhysicalSizeY': pixelsize,
    'PhysicalSizeYUnit': 'µm',
    'Channel': {'Name': ['Channel 1', 'Channel 2']},
    'Plane': {
        'PositionZ': zpositions,
        'PositionZUnit': ['µm'] * data.shape[0],
        'PositionY': [7.5] * data.shape[1],
        'PositionYUnit': ['µm'] * data.shape[1],
        'PositionX': [10.5] * data.shape[2],
        'PositionXUnit': ['µm'] * data.shape[2],
    },
}

with TiffWriter('temp.ome.tif', bigtiff=False, ome=True) as tif:
    tif.write(
        data,
        photometric='minisblack',
        # tile=(128, 128),
        # compression='adobe_deflate',
        resolutionunit='CENTIMETER',
        resolution=(1e4 / pixelsize, 1e4 / pixelsize),
        metadata=metadata,
    )