R中的戴高帽问题-考古发现与环境因素的关系

Question

我目前正在使用来自丹麦，英格兰/威尔士和荷兰的金属斧头，并使用R中的rhohat函数对其进行了分析。我使用的空间协变量是土壤类型，土壤质地，土壤pH，土地覆盖率和包含估计在欧洲范围内的保存能力的shapefile（来源：https://esdac.jrc.ec.europa.eu/content/maps-related-predicting-preservation-cultural-artefacts-and-buried-materials-soils-eu-0）。这是我的代码（如果我的空间协变量是shapefile）：

r <- raster(ncol=180, nrow=180)

extent(r) <- extent(soil)

soiltype_raster <- rasterize(soil, r, 'FAO85LV1')

soiltype_im <- as.im(soiltype_raster)

plot(soiltype_im)
plot(axeheads, add=TRUE)

soiltype_dk <- rhohat(axeheads.pp, soiltype_im)

plot(soiltype_dk)

我的rhohat图的值和图本身没有多大意义，请参阅Rhohat of English and Welsh metal axe heads in relation to land cover，Rhohat of Danish metal axe heads in relation to land cover或Rhohat of English and Welsh metal axe heads in relation to soil texture。空间协变量土地覆被是一个三位数的数值（即111 =不连续的城市结构），而土壤质地是介于1-5之间的数值（从粗到细，附加值为0 =无信息和9 =无矿物质地） ）。

是什么导致我的时髦图似乎与我在QGIS中提取的信息不符？ Y轴上的值是多少？还有其他功能对调查发现的分布与环境因素之间的关系有用吗？预先谢谢！

Answer 1

这是有关R软件包rhohat中的功能spatstat的问题（这不是基础R系统的一部分！）

rhohat的帮助文件说协变量必须具有数值。在您的示例中，协变量更像是编码为数值的分类值。例如，111表示不连续的城市结构：110和112是什么意思，而111在它们中间？

对于此类数据，建议您将协变量转换为分类（factor）值，并使用强度的原始估计值：

soiltype_im <- eval.im(factor(soiltype_im))
soiltype_tess <- tess(image=soiltype_im)
soiltype_count <- quadratcount(axeheads.pp, tess=soiltype_tess)
soiltype_inten <- intensity(soiltype_count)
最后的结果将是一张表，告诉您每种类型的土壤中单位面积的平均轴突数。 （rhohat进行了类似的计算，但假设协变量是连续变化的，在您的示例中不适用）