用文件名替换模式后的字符串

Question

我有多个.gbf文件，我需要将单词DEFINITION的每个实例后的所有内容替换为该行末尾的所有内容，并使用其各自的文件名（在它们之间考虑两个空格）。

文件名示例：GCF_000219725.1_ASM882v1 ___ Lalala_holae_9a5c.gbf

文件中感兴趣的部分：

DEFINITION  random_chacacters_including_spaces

想要的输出：

DEFINITION  GCF_000219725.1_ASM882v1___Lalala_holae_9a5c.gbf

正在思考：

for f in *.gbf; do sed 's/DEFINITION  .*$/DEFINITION  "$f"/g'; done

不起作用

谢谢

Answer 1

您的尝试包含两个错误：

• 它在单引号表达式中使用$f（是的，两个"也是单引号表达式的一部分）；
• sed命令没有提供文件名，该文件名是$f作为参数；
• 此外，g命令中不需要s标志。

所以您实际上想做的是以下事情：

for f in *.gbf
do
  sed 's/DEFINITION  .*$/DEFINITION  '"$f"'/' "$f" > "$f.new"
done

其中sed脚本是三个字符串的串联，依次为单引号，双引号，单引号。这种方法可以防止在单引号的部分进行扩展，同时允许在双引号的部分进行扩展。在您提供的特定示例中，没有什么区别，但是通常建议使用单引号字符串（sed命令是字符串），除非您需要将双引号引起来（参见Learning the bash Shell, 3rd Edition, top of page 147）。在后一种情况下，sed命令为：

  sed "s/DEFINITION  .*$/DEFINITION  $f/" "$f" > "$f.new"

此外，您需要将输出放置在某个位置，例如在名为$f.new的新文件中（或者，如果我没有记错的话，也可以使用sed的-i选项，该选项不是POSIX）。