使用 -fopenmp 编译解决了编译问题，但导致 gsl_vector_double.h:180: ERROR: index out of range when call apop_estimate

Question

我无法使用 apop_estimate(data, model) 函数运行任何程序。

如果我在编译命令中不包含 -fopenmp 选项，我会收到错误消息：

$ gcc census.c -std=gnu99 -lapophenia -lgsl -lgslcblas -lsqlite3 -o 人口普查 /usr/lib/gcc/x86_64-pc-cygwin/11/../../../../x86_64-pc-cygwin/bin/ld: /usr/local/lib/../lib/libapophenia .a(libapopkernel_la-apop_mapply.o)：在函数`rowloop._omp_fn.0'中：

/apophenia-pkg/apop_mapply.c:248: 未定义对 `omp_get_num_threads' 的引用

...

...

/apophenia-pkg/apop_mcmc.c:175: 未定义引用

GOMP_critical_name_start' /usr/lib/gcc/x86_64-pc-cygwin/11/../../../../x86_64-pc-cygwin/bin/ld: /apophenia-pkg/apop_mcmc.c:175: undefined reference to 

GOMP_critical_name_end' collect2：错误：ld 返回 1 退出状态

如果我使用选项 -fopenmp 进行编译，则编译成功。但是在执行时我得到错误：

$ ./人口普查 gsl: ../gsl/gsl_vector_double.h:180: 错误：索引超出范围

调用默认 GSL 错误处理程序。

中止（核心转储）

当我运行 gdb 时，我得到以下信息：

从人口普查中读取符号...

（gdb）r

启动程序：/home/Colin/Documents/intro-apophenia/census

[新线程 19156.0x4584]

[新线程 19156.0x43f4]

[新线程 19156.0x49ac]

[新线程 19156.0x4904]

gsl: ../gsl/gsl_vector_double.h:180: 错误：索引超出范围

调用默认 GSL 错误处理程序。

线程 1“人口普查”收到信号 SIGABRT，中止。

0x0000000077c297ea in ntdll!ZwWaitForSingleObject () from /cygdrive/c/Windows/SYSTEM32/ntdll.dll

（gdb）bt

#0 0x0000000077c297ea in ntdll!ZwWaitForSingleObject () from /cygdrive/c/Windows/SYSTEM32/ntdll.dll

#1 0x000007fefda110dc 在 WaitForSingleObjectEx () 来自 /cygdrive/c/Windows/system32/KERNELBASE.dll

#2 0x000007feb97300d0 in sigfillset () from /usr/bin/cygwin1.dll

#3 0x000007feb972bbbb in sched_getscheduler () from /usr/bin/cygwin1.dll

#4 0x000007feb972bfc5 in sched_getscheduler () from /usr/bin/cygwin1.dll

#5 0x000007feb98868d8 in cygwin1!abort () from /usr/bin/cygwin1.dll

#6 0x00000003eef65ba7 in gsl_error () from /usr/bin/cyggsl-19.dll

#7 0x00000003ef0b259f in gsl_vector_get () from /usr/bin/cyggsl-19.dll

#8 0x00000001004296d4 in ols_log_likelihood (d=0xa00036c50, p=) at apop_ols.c:166

#9 0x000000010041a336 在 apop_log_likelihood (d=, m=) at apop_model.c:268

#10 0x000000010042ae23 in apop_estimate_OLS (inset=, ep=0xa00030300) at apop_ols.c:341

#11 0x000000010041a19f in apop_estimate (d=0xa00036c50, m=) at apop_model.c:240

＃12 0x0000000100401180 在主要（）

census.c 程序完全按照 opophenia 网站，一个温和的介绍部分：

正文

#include <apop.h>

int main(){

    apop_text_to_db(.text_file="ss08pdc.csv", .tabname="dc");

    apop_data *data = apop_query_to_data("select log(pincp+10) as log_income, agep, sex "

                    "from dc where agep+ pincp+sex is not null and pincp>=0");

    apop_model *est = apop_estimate(data, apop_ols);

    apop_model_print(est);

}

我尝试注释掉调用错误的 gsl_vector_double.h 中的代码。

INLINE_FUN

double

gsl_vector_get (const gsl_vector * v, const size_t i)

{

#if GSL_RANGE_CHECK

  if (GSL_RANGE_COND(i >= v->size))
    {

      GSL_ERROR_VAL ("index out of range", GSL_EINVAL, 0);
    }

#endif

  return v->data[i * v->stride];
}

在上面的代码主体中除了返回行之外的所有注释之后，重新编译并调用我得到的可执行文件

关于索引超出范围的完全相同的错误。

我尝试在调用 apop_estimate 时使用非常小的数据集。没有效果。

我尝试运行 gdb 并调查框架中的局部变量。无法找到问题的根本原因。

我尝试在程序中添加#include 。没有效果。