我目前正在检查一些代码以实现跨平台兼容性。我正在使用Travis-CI在GitHub提交的ubuntu下构建我的R包。如果我删除了这一个单独的部分,它就会成功构建,但是如果我包含这个代码,我会收到错误:
Must request at least one colour from a hue palette.
这种构建很好并且在Windows和OS X上正常工作,这个问题只出现在ubutu构建中。我还想指出这是在执行后面的代码的插图生成步骤期间发生的。此错误消息似乎来自this function in the R scales library.
我有一些看起来像这样的数据:
gene <- c("ISG20","ISG20","HEY1","ISG20","ACTB","MDM2","CDYL","HEY1","ACTB","UTP3","MDM2")
variable <- c("6h_ebov","1d_ebov","1d_ebov","2d_ebov","2d_ebov","2d_ebov","2d_restv","2d_restv","2d_restv","2d_restv","2d_restv")
value <- c(-4.54267311671893,0.523667984831315,0.552671011358972,3.97643775389922,0.888734866999937,1.26719604773752,1.31653814202267,2.28445821019938,1.00301304727651,1.86941283629719,1.33916249182697 )
filteredList <- data.frame(gene,variable,value)
> head(filteredData)
gene variable value
1 ISG20 6h_ebov -4.5426731
2 ISG20 1d_ebov 0.5236680
3 HEY1 1d_ebov 0.5526710
4 ISG20 2d_ebov 3.9764378
5 ACTB 2d_ebov 0.8887349
6 MDM2 2d_ebov 1.2671960
我使用ggplot2来显示这些数据,我的命令大致如下:
library(ggplot2)
library(ggthemes)
stata_long_pal = c(stata_pal("s2color")(15), stata_pal("s1rcolor")(15))
plot_out <- ggplot(filteredList, aes(x=value, y=factor(variable, levels=as.character(unique(variable)), ordered=TRUE), label=variable, col=variable)) +
geom_point(stat='identity', aes(col=variable), size=3) +
theme_stata() +
scale_fill_manual(values=stata_long_pal) +
theme(axis.text.y = element_text(angle = 45, hjust = 1), plot.title = element_text(size=14, face="bold", hjust=0)) +
guides(col=guide_legend(ncol=6%/%3)) +
theme(legend.text = element_text(size=12)) +
theme(legend.title=element_blank()) +
theme(axis.text=element_text(size=12, face="bold")) +
theme(text = element_text(size=22,margin = margin(t = 0, r = 10, b = 0, l = 0))) +
labs(x="", y="", title="Differentially Expressed Genes", subtitle="Log2 Fold-Change")
这是触发错误的部分。我觉得这个问题必须与aes()或scale_fill_manual()有点技术性。我试图看看是否以几种不同的方式改变它们会产生任何影响,但由于我使用的是Travis-CI,因此每次更改后需要花费一段时间进行测试。
有没有人看到可能导致问题的原因,或者对于为什么会发生这种情况有任何见解?首先十分感谢。
编辑:我想指出,我已将问题缩小到这段代码。
geom_point(stat='identity', aes(col=variable), size=3)
如果我做了以下它可以工作,但我的色彩丢失。
geom_point()
EDIT2:我已经修改了数据部分以使其更有用。复制/粘贴现在应该直接写字。
根据我的经验,当我最终为我的标签使用NA时会发生这种情况。我愿意打赌你的'变量'变量有NAs,而不是你想要ggplot调用col =参数的字符串。我也注意到你在aes内外都有col =两次,这可能有问题。我刚刚用Shiny碰到了这个,并且认为我会提供2美分。