从R中的热图集群中获取属于每个集群的行名称

Question

我想在R中使用heatmaply后得到所有行元素的5个列表。我设置k_row = 5所以树形图显示5种不同的颜色。我只想返回一个包含5个列表的列表，其中每个列表包含集群中的行元素。行是名称，列是类别。

Answer 1

您可以直接从相同数据的树形图中获取簇。例如：

heatmap = heatmaply(mtcars, k_row = 3,
                       dist_method = "euclidean", hclust_method ="complete")

要从相同的数据中获取行集群：

dend <- hclust(dist(mtcars, method = "euclidean"), method = "complete")
cutree(dend, k = 3)

cutree命令将返回数据集中每行的分配。您会注意到它们的大小与热图中的大小相同。这是用于为群集着色的热图运行相同的命令。