降低转换矩阵的RAM消耗

Question

我编写了以下两个函数，它们将转换矩阵作为输入，哪些节点应该处于吸收状态并对其进行转换。

第一个函数set.absorbing.states()有3个参数。 tm是初始转换矩阵，第二个inn是一个指定的初始节点，而第三个soi是感兴趣的集合。 “感兴趣的集合”是指该矩阵中必须设置为吸收状态的一组节点。这样的初始矩阵如下：

tm <- read.table(row.names=1, header=FALSE, text="
A 0.2 0.3 0.1 0.2 0.1 0.1 
B 0.3 0.1 0.1 0.2 0.2 0.1
C 0 0.2 0.4 0.1 0.2 0.1 
D 0.2 0.1 0.2 0.3 0.1 0.1
E 0.2 0.2 0.1 0.2 0.1 0.2
F 0.3 0.2 0.4 0.1 0 0")

colnames(tm) <- row.names(tm)

如您所见，该矩阵中没有吸收状态。例如，我们想要将A和E以及随机选择的初始节点B设置为吸收状态。

通过执行第一个函数tm1 <- set.absorbing.states( tm , "B", c("A","E"))，我们得到了一个已经设置了吸收状态的矩阵：

    A   B   C   D   E   F
A 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
B 0.3 0.1 0.1 0.2 0.2 0.1
C 0.0 0.2 0.4 0.1 0.2 0.1
D 0.2 0.1 0.2 0.3 0.1 0.1
E 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0
F 0.3 0.2 0.4 0.1 0.0 0.0

如你所见，A和E已经变成了吸收状态。

下一步是将该矩阵转换为所有吸收状态节点（行和列）结束的方式。所以通过运行ptm <- transform.tm( tm1, c("A","E") )我们得到一个看起来像这样的矩阵：

    B   C   D   F   A   E
B 0.1 0.1 0.2 0.1 0.3 0.2
C 0.2 0.4 0.1 0.1 0.0 0.2
D 0.1 0.2 0.3 0.1 0.2 0.1
F 0.2 0.4 0.1 0.0 0.3 0.0
A 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0
E 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0

你现在可以清楚地看到A和E节点到了那个矩阵的末尾。

以下是我正在使用的功能。

set.absorbing.states <- function ( tm, inn, soi )
{
  set <- which( row.names(tm) %in% soi )
  set <- set[which( set != inn )]
  for (i in set )
    tm[i,] <- 0
  for (i in set)
    tm[i,i] <- 1
  tm
}

transform.tm <- function ( tm, soi )
{
  end_sets <- which(row.names(tm) %in% soi)
  ptm <- rbind( cbind(tm[-end_sets, -end_sets], tm[-end_sets, end_sets]) , cbind(tm[end_sets, -end_sets], tm[end_sets, end_sets]) )
  ptm
}

现在的事情是，有了这么小的矩阵，一切都运转正常。但我试图使用一个大矩阵（20.000 * 20.000），它需要32GB RAM来执行第二个功能。

那么有没有办法以更有效的资源方式执行此操作？

Answer 1

使用索引将显着减少转换函数正在创建的副本数量（通过rbind和cbind）。它在概念上可能有点简单（以对[索引的扎实理解为条件）。

transform.tm1 <- function ( tm, soi ) {
  newOrder <- c(setdiff(row.names(tm), soi), soi)
  tm[newOrder, newOrder]
}

在这里，setdiff用于拉出不匹配的名称，并将它们放在向量的前面。然后，只需通过行/列名称重新排序矩阵。

这回来了

transform.tm1(tm1, c("A", "E"))
    B   C   D   F   A   E
B 0.1 0.1 0.2 0.1 0.3 0.2
C 0.2 0.4 0.1 0.1 0.0 0.2
D 0.1 0.2 0.3 0.1 0.2 0.1
F 0.2 0.4 0.1 0.0 0.3 0.0
A 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0
E 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0

检查它们是否返回相同的结果

identical(transform.tm(tm1, c("A", "E")), transform.tm1(tm1, c("A", "E")))
[1] TRUE