R 和 RStudio 未检测到已安装的 PostgreSQL（或任何其他）ODBC 驱动程序

Question

我正在尝试使用 RStudio 中的 R ODBC 驱动程序连接到 PostgreSQL 数据库。由于某种原因，R 未检测到驱动程序：

$ Rscript -e 'odbc::odbcListDrivers()'
[1] name      attribute value    
<0 rows> (or 0-length row.names)

尽管据我所知，它们已正确安装（使用自制软件）：

$ brew list
freetds     gettext     git     icu4c       libtool     openssl     pcre2       pkg-config  
postgresql  psqlodbc    readline    sqlite      sqliteodbc  unixodbc

$ odbcinst -j
unixODBC 2.3.6
DRIVERS............: /etc/odbcinst.ini
SYSTEM DATA SOURCES: /etc/odbc.ini
FILE DATA SOURCES..: /etc/ODBCDataSources
USER DATA SOURCES..: /Users/barthf/.odbc.ini
SQLULEN Size.......: 8
SQLLEN Size........: 8
SQLSETPOSIROW Size.: 8

$ cat /etc/odbcinst.ini
[PostgreSQL Driver]
Driver          = /usr/local/lib/psqlodbcw.so

[SQLite Driver]
Driver          = /usr/local/lib/libsqlite3odbc.dylib

$ ls /usr/local/lib/ | grep odbc.*so$
libsqlite3odbc.so
libtdsodbc.0.so
libtdsodbc.so
psqlodbca.so
psqlodbcw.so

我正在运行：

R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: OS X El Capitan 10.11.6

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] DBI_1.0.0  odbc_1.1.6

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.18      dbplyr_1.1.0      compiler_3.4.2    pillar_1.2.3      later_0.7.1       plyr_1.8.4       
 [7] bindr_0.1.1       base64enc_0.1-3   tools_3.4.2       digest_0.6.12     bit_1.1-12        jsonlite_1.5     
[13] tibble_1.4.2      nlme_3.1-131      lattice_0.20-35   pkgconfig_2.0.2   rlang_0.2.2       psych_1.7.8      
[19] shiny_1.0.5       rstudioapi_0.7    parallel_3.4.2    RPostgreSQL_0.6-2 yaml_2.1.14       bindrcpp_0.2.2   
[25] stringr_1.2.0     httr_1.3.1        dplyr_0.7.5       sparklyr_0.8.4    hms_0.4.2         rprojroot_1.2    
[31] bit64_0.9-7       grid_3.4.2        tidyselect_0.2.4  glue_1.2.0        R6_2.2.2          foreign_0.8-69   
[37] tidyr_0.7.2       reshape2_1.4.2    purrr_0.2.5       blob_1.1.1        magrittr_1.5      backports_1.1.1  
[43] promises_1.0.1    htmltools_0.3.6   mnormt_1.5-5      assertthat_0.2.0  mime_0.5          xtable_1.8-2     
[49] httpuv_1.4.0      stringi_1.1.5     lazyeval_0.2.1    broom_0.4.2    

出于某种我不知道的原因，

RPostgreSQL::PostgreSQL()

驱动程序工作正常。不过，我想使用 ODBC 驱动程序，以便可以利用 RStudio 连接功能。当我尝试使用 RStudio 创建

New Connection

时，对话框窗口仅显示用于连接到

Livy

和

Spark

的选项。

按照建议，这是尝试的连接代码：

使用

ODBC

：

> con <- DBI::dbConnect(odbc::odbc(),
+                       driver = "PostgreSQL Driver",
+                       database = "postgres",
+                       UID    = rstudioapi::askForPassword("Database user"),
+                       PWD    = rstudioapi::askForPassword("Database password"),
+                       host = "localhost",
+                       port = 5432) ## returns error below
Error: nanodbc/nanodbc.cpp:950: 01000: [unixODBC][Driver Manager]Can't open lib 'PostgreSQL Driver' : file not found 

使用

RPostgreSQL

：

con <- DBI::dbConnect(RPostgreSQL::PostgreSQL(),
+   dbname = "postgres",
+   user    = rstudioapi::askForPassword("Database user"),
+   password    = rstudioapi::askForPassword("Database password"),
+   host = "localhost",
+   port = 5432) ## works fine

有什么想法为什么 R ODBC 驱动程序似乎不起作用？对我可以在这里尝试的事情有什么建议吗？

Answer 1

对于仍然困扰这个问题的其他人 - 我花了几个小时尝试使用

odbc::odbcListDrivers()

命令来打印我知道的 Mac 上的驱动程序。

我通常使用 Windows 机器，以前从未遇到过这个问题，所以试图解决这个问题有点超出了我的深度。

StackOverflow 上和 r-dbi/odbc github 的问题部分有几个问题，有各种答案 - 但没有一个对我有用。

我想我应该发布一个详细的答案来说明我如何为我的 Mac 解决这个问题。

RStudio 有关于为 Windows/Mac/Linux 机器设置驱动程序的指南。安装 unixODBC 和驱动程序（例如 PostgreSQL）后，您需要编辑以下两个文件

odbcinst.ini

（定义驱动程序选项）和

odbc.ini

（定义连接选项）。

在我的 Mac 上，我不知道去哪里找，所以我去搜索并在

/Library/ODBC/odbcinst.ini

找到了它。

此文件中包含驱动程序信息，我认为会使用

odbc::odbcListDrivers()

显示 - 但事实并非如此。

经过大量谷歌搜索，我发现以下命令可以输入mac终端

odbcinst -j

（我认为）显示驱动程序的文件位置和数据源名称信息。这显示了 odbc.ini 文件位于以下路径的位置

/Users/myusername/.odbc.ini

。

注意

.odbc.ini

中的前导点。

点表示隐藏文件。输入

SHIFT + CMD + .

显示它们。

导航到

/Users/myusername

并显示隐藏文件后，我也看到了

.odbcinst.ini

。我在文本编辑器中打开这个文件，惊讶地发现它是空的。

我打开

/Library/ODBC/odbcinst.ini

，复制内容并将其粘贴到

/Users/myusername/.odbcinst.ini

中。

我跳回到 R 控制台，最后，我可以使用

odbc::odbcListDrivers()

返回值。

Answer 2

如果使用Windows，您可以安装驱动程序并在“ODBC数据源管理器”中添加您的数据源，例如名称为“DATA_SOURCE_NAME”。

如果您已将密码保存在 ODBC 数据源管理器中，则以下代码将起作用。

install.package('DBI')
install.package('odbc')
con <- DBI::dbConnect(odbc::odbc(), dsn='DATA_SOURCE_NAME', driver="PostgreSQL Unicode")