在 M1 mac 上安装 R 包“nloptr”时出现问题

Question

我正在尝试在 R 和 RStudio 中安装“lme4”库，该库在我使用 M1 Mac 之前可以运行，但现在无法安装。有问题的依赖项是：“nloptr”。这是我当前的错误：

clang++ -arch arm64 -std=gnu++11 -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/opt/R/arm64/lib -o nloptr.so init_nloptr.o nloptr.o test-C-API.o test-runner.o -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRlapack -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRblas -L/opt/R/arm64/gfortran/lib/gcc/aarch64-apple-darwin20.2.0/11.0.0 -L/opt/R/arm64/gfortran/lib -lgfortran -lemutls_w -lm -Lnlopt/lib -lnlopt -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
ld: warning: directory not found for option '-Lnlopt/lib'
ld: library not found for -lnlopt
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make: *** [nloptr.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘nloptr’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1-arm64/Resources/library/nloptr’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘nloptr’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/private/var/folders/ht/y6qd6yfn67x086jtwxvh42tw0000gn/T/RtmpULtpZq/downloaded_packages’ ```

我使用的是配备 Monterey (12.1) 的 M1 Mac。我已经安装了arm64版本的R。这是我当前的版本R 4.1.2：

> version
               _                           
platform       aarch64-apple-darwin20      
arch           aarch64                     
os             darwin20                    
system         aarch64, darwin20           
status                                     
major          4                           
minor          1.2                         
year           2021                        
month          11                          
day            01                          
svn rev        81115                       
language       R                           
version.string R version 4.1.2 (2021-11-01)
nickname       Bird Hippie    

我已经在终端中尝试过以下操作：

brew install nlopt

和

brew install gcc

。

在此之前，我也出现过如下错误：

ld: warning: directory not found for option '-L/opt/R/arm64/gfortran/lib/gcc/aarch64-apple-darwin20.2.0/11.0.0'

为了解决这个问题，根据谷歌搜索，我这样做了

export PATH=$PATH:/opt/R/arm64/gfortran/bin

和这个

ln -sfn `xcrun --show-sdk-path` /opt/R/arm64/gfortran/SDK

Answer 1

在我的机器（运行 Big Sur 的 M1 Mac）上，我刚刚尝试过

install.packages("nloptr")

没有先做

brew install nlopt

。

我收到了关于

-Lnlopt/lib

的相同警告：

ld: warning: directory not found for option '-Lnlopt/lib'
ld: library not found for -lnlopt
clang-13: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make: *** [nloptr.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘nloptr’

但在警告之前我看到：

checking if pkg-config knows NLopt... no
using NLopt via local cmake build on arm64

------------------ CMAKE NOT FOUND --------------------

CMake was not found on the PATH. Please install CMake:

 - yum install cmake          (Fedora/CentOS; inside a terminal)
 - apt install cmake          (Debian/Ubuntu; inside a terminal).
 - pacman -S cmake            (Arch Linux; inside a terminal).
 - brew install cmake         (MacOS; inside a terminal with Homebrew)
 - port install cmake         (MacOS; inside a terminal with MacPorts)

Alternatively install CMake from: <https://cmake.org/>

-------------------------------------------------------

使用

install.packages("nloptr")

 安装 CMake 后，

brew install cmake

成功。

至于您最初遇到的问题

gfortran

，我可能建议尝试我的说明这里。 R 建议安装特定版本的

gfortran

并配置编译器以通过

~/.R/Makevars

查找该安装。你真的不需要弄乱你的

PATH

...

Answer 2

不幸的是，

brew install cmake

没有帮助我，从源代码安装

nloptr

也没有帮助我，配置RStudio以使用正确的

PATH

也没有帮助我。

根据文档，在标记为安装 CMake（仅限 macOS 和 Linux） 的部分中，nloptr 软件包安装程序期望在以下位置找到

cmake

可执行文件：

1. 环境变量指定的路径（剧透警告：设置不起作用），或者
CMAKE_BIN
2. .
这是我最终在

/Applications/CMake.app/Contents/bin/cmake

shell 中解决问题的方法：

zsh

这种方法的缺点是它会将非应用程序放入

brew install cmake
sudo mkdir -p /Applications/cmake.app/Contents/bin
cd /Applications/cmake.app/Contents/bin
sudo ln -s /opt/homebrew/bin/cmake

目录中，但我可以接受。

Answer 3

/Applications

并将其重新安装为木桶

brew remove cmake

cask安装使用MacOS官方cmake包，由R拾取。