我创建了一个 conda 环境,在其中安装了来自 github 的程序,该程序也使用 R 包。但是,当我测试程序的安装时,它找不到必要的 R 包。
当我转到 R 并检查库路径时,我可以看到它并没有首先在环境中查找包。
> .libPaths()
[1] "/kusers/ancillary/mradzieta/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/4.0"
[2] "/data/mradzieta/anaconda3/envs/squeezemeta/lib/R/library"
在 R 中,我确实对 libpath 进行了重新排序:
> myPaths <- .libPaths()
> myPaths <- c(myPaths[2], myPaths[1])
> .libPaths(myPaths)
> .libPaths()
[1] "/data/mradzieta/anaconda3/envs/squeezemeta/lib/R/library"
[2] "/kusers/ancillary/mradzieta/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/4.0"
但是,当我退出 R 并再次测试安装时,R 会恢复到原始 libpath 顺序,因为它仅在该 R 会话内更改。
如何在 conda 环境中永久重新排序 libpath,以免它们恢复到原始顺序?
以防其他人遇到此问题。问题是主目录中的 .Renviron 文件将 R_LIBS= 定向到错误的 R 库。将其更改为 conda 安装的库解决了我的问题。
请问详细步骤可以吗?非常感谢。