一般化模式与限制的交集？

Question

我有兴趣找到糖尿病（或任何其他列举的疾病）变种的诊断代码，公理上排除一些更准确的糖尿病相关综合征的疾病。

我使用君主病本体论（MonDO）作为我对疾病建模的权威以及在电子病历中表明它们的代码（如某些国家的ICD或SNOMED）。

我一直用rdfs:subClassOf*三重奏检索“疾病的所有变种”。 MonDO模型似乎相当不错，但有时似乎有点过分，我想公理性地省略一些subClass关系。

例如，H Syndrome被认为是rdfs:subClassOf* diabetes，但作为一种综合症，它包括糖尿病的本质以外的许多特征（长时间血糖水平升高。）下面的ask显示我如何能够使这种特殊疾病发生变化。基于其具有综合征和遗传修饰的事实，对于糖尿病类型的询问。

如何以一般方式寻找具有综合症状修饰的疾病，预期minus可能不会以一致的方式组成？可能会有更多（或更少）交叉点，可能会使用owl:Restrictions而不是rds:subClassOf ......

owl:equivalentClass

Answer 1

像往常一样，这是基于慷慨的评论：

下面的属性路径查询从我的存储库中检索4000+综合症。我还没有让它在OntoBee上运行。

关注：

1. 我认为我应该使用更具包容性的属性路径，比如

   PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
   PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
   PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
   prefix H_Synd: <http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0019589>
   prefix hasMod: <http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002573>
   prefix syndromePres: <http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0021127>
   prefix genetic: <http://purl.obolibrary.org/obo/MONDO_0021152>
   ask where {
       H_Synd: owl:equivalentClass ?ec .
       ?ec owl:intersectionOf ?i1 .
       ?i1 rdf:first|rdf:rest ?ilpart .
       ?ilpart rdf:first|rdf:rest ?ilpartf , ?ilpartr .
       ?ilpartf rdf:type owl:Restriction ;
                owl:onProperty hasMod: ;
                owl:someValuesFrom syndromePres: .
       ?ilpartr rdf:first|rdf:rest ?ilpartrpart .
       ?ilpartrpart rdf:type owl:Restriction ;
                    owl:onProperty hasMod: ;
                    owl:someValuesFrom genetic: .
   }

   ，但在我中止之前，它会持续运行几分钟。显然(rdf:first|rdf:rest|rdfs:subClassOf)*获得了一些有用的类，但?pre rdf:first* ?ilpartf模式只获得36个空白节点。
2. 我可以通过简单的?pre rdf:first ?ilpartf查询获得相同的结果。 MonDO包含下面的OWL公理。如果它已被推理，我只是得到直接断言为综合征疾病的疾病类别
3. 成千上万的症状疾病类别都与一对rdfs:subClassOf*绑定。除了他们自己以外，其他35个{ ?pre ?sub }空白节点不受任何?pre类的约束。

Syndromic disease axiom

?sub

disease or disorder and (has
      modifier some 
      has a syndromic presentation)

query:

rdfs:subClassOf*

property path query:

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
select * where {
    ?s rdfs:subClassOf* obo:MONDO_0002254 .
}