使本地文件夹在运行时在 dockerfile 中可用

Question

我有一堆 docker 容器，其中包含一些命令行工具。

我的目标是让它们表现得像命令行工具一样。

例如，理想情况下，我会将它们运行为：

docker run tool --input inputfile --output outputfile

这与本地安装该工具仅略有不同，但更便携。我已经将

tool

定义为能够传递输入参数的入口点。但是，仍然存在一个问题，即

inputfile

和

outputfile

被解释为 within docker 镜像。

从手册中，

copy

和

add

是构建时指令，因此当将容器作为命令行工具运行时它们将不起作用（只要我正确阅读手册）。

一种解决方案是在运行时将本地文件夹映射到容器文件夹，例如（来自手册）：

docker run -v $(pwd):$(pwd) -w $(pwd) samtools tool --input inputfile --output outputfile

这很好，使得该工具的行为看起来几乎就像是在“本地”运行，而不是在容器后面运行，但对于命令行使用来说也有点尴尬。有没有办法将此指令包含在 Dockerfile 中？

Answer 1

如果该工具位于 docker 内部，但您想在主机级别使用它，唯一的方法是像您一样使用卷（-v ...）

如果您想降低

docker run ...

的复杂性，您可以将其包装在脚本中并使用“$@”传播所有参数。

按照以下步骤重现我所说的内容

• 创建一个包含 bash 脚本（内部）的容器，名为internal-tool.sh，并位于 /workspace 中，内容如下：

echo "arguments are"
echo "$@"

• 从容器内部运行它。结果应该是

• 然后从主机调用它。结果应该是一样的

docker exec -it reverent_meninsky bash /workspace/internal-tool.sh foo bar

• 在主机中，在某些电子文件夹（如 /tmp/sandbox）中创建名为 external-tool-sh 的包装器，其中包含以下内容：

docker exec -it reverent_meninsky bash /workspace/internal-tool.sh "$@"

• 有了这个，调用内部工具就可以方便一点了

bash external-tool.sh foo bar

更简单

您可以创建指向外部工具的链接并将其添加到 PATH 中，以使其更加简单并可从操作系统中的任何位置使用。对于这个示例，我将调用 walle 来使用我的工具

ln -s external-tool.sh walle
chmod +x walle

然后在另一个shell中：

export TOOL_HOME=/tmp/sandbox
export PATH=$PATH:$TOOL_HOME

最后你可以用

walle foo bar

调用脚本，结果是一样的

讲座

• 以永久方式将 bash 或可执行文件添加到操作系统：
  • https://github.com/jrichardsz/linux-commandline-assistant
  • https://github.com/nvm-sh/nvm/blob/294ff9e3aa8ce02bbf8d83fa235a363d9560a179/install.sh#L292