如何解决 iPython 笔记本中的“无法打开文件（截断文件）”错误

Question

我正在尝试效仿 brain observatory ipython 笔记本的示例。

但是，我在加载

nwb

文件时遇到了困难，如下所示。

from allensdk.core.brain_observatory_cache import BrainObservatoryCache
boc = BrainObservatoryCache(manifest_file='boc/manifest.json')

data_set = boc.get_ophys_experiment_data(501940850)  # problem here

所以，我通过

HDFview

打开了nwb文件。

除了

nwb

之外，所有脑观测站

502376461.nwb

的文件都没有打开。

它引发了以下错误：

IOError：无法打开文件（截断的文件：eof = 82280448，sblock->base_addr = 0，stored_eoa = 204046519）

当我尝试打开 allen 的 ipython 笔记本示例中的

502376461.nwb

时，它成功了！但其他人（

501940850

，

503820068

...）像上面一样失败了。

Answer 1

总结来自 github 的线程：

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/22

文件已部分下载或以某种方式损坏。下载过程中没有报告异常，所以urllib一定没有注意到问题。

AllenSDK 开发人员正在研究某种文件一致性检查和/或不同的 HTTP 库。

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/28

如果其他人遇到这种情况，您可以删除坏文件并重新运行下载功能（

BrainObservatoryCache.get_ophys_experiment_data

）。文件被下载到 BrainObservatoryCache manifest file 的子目录中，如果未指定，则默认为当前工作目录。