Nibabel 不加载斜率和内部参数

Question

我正在使用

nibabel

包将一些 nparray 保存为 nifti 格式。我指定斜率和截距值，以便将数据缩放回原始格式。但是，当我加载回数据时，比例和截距信息不再可用。这是重现该行为的代码片段：

import numpy as np
import nibabel as nib

# Create dumb 3D data:
img=np.ones((20,20,5),dtype=np.uint16)

# Create an affine matrix:
affine=np.eye(4)

# Create nifti
nii=nib.Nifti1Image(img,affine=affine)

# Set slope and inter values
nii.header.set_slope_inter(slope=1,inter=0)

# Save the nifti on disk
nib.save(nii,'test.nii')

# Load back the data
nii2=nib.load('test.nii')

# Get the slope and inter
print(nii2.header.get_slope_inter())

# It returns (None, None)

输出为

(None,None)

，尽管

nii2.header.has_data_slope

和

nii2.header.has_data_intercept

都返回 True。

我用其他 nifti 阅读器（例如 mango 和 itk-snap）打开 nifti 文件，可以检查斜率和截距是否正确显示。

这是一个错误吗？

感谢您的帮助！

Answer 1

不，这不是一个错误。 Nibabel 的 docs 中记录了此行为。

首次创建/加载时，nifti1 对象（Nibabel 图像）具有比例斜率和截距，可通过以下方式访问：

import nibabel as nib

# load the image
im = nib.load("image.nii.gz")

# get scale slope/inter values
scale_slope = im.dataobj.slope
scale_intercept = im.dataobj.inter

# scale_slope and scale_intercept won't be None and None, but the following:
slope_inter = im.header.get_slope_inter()

# will probably print (None, None)
print("slope_inter: %r" % (slope_inter,))

要回答您的问题，在调用 set_slope_inter() 后，您设置的新值可在以下位置找到：

image.dataobj.slope
image.dataobj.inter

虽然有点晚了，但希望对大家有帮助！