使用下拉菜单在 Rmarkdown 中打印不同的 ggplotly 图

Question

我有一系列具有这种格式的数据：

基因农场	s0	上一页	伊瓦尔
fam_VO056_k119_707118_2	-2.94891455	1.897019	纬度_c
fam_VO118_k119_1069373_4	-2.63244195	1.897019	纬度_c
fam_VO015_k119_739705_2	-2.54050825	1.897019	干旱指数_v3
fam_VO203_k119_389361_1	-1.25734198	4.336043	MAT_wc2
fam_VO036_k119_254678_4	-1.15872311	1.897019	MAT_wc2

最多 13 个不同的值

Yvar

。

我正在尝试绘制 13 个图，每个

Yvar

值一个，x 轴为

GeneFam

，y 轴为

s0

，条形由

Prev

梯度填充：

ple_wts <- ggplot(mydata, aes(x = s0, y = reorder(GeneFam, s0), fill = Prev)) +
  geom_bar(stat = "identity") +
  scale_fill_gradientn(colours = c("skyblue", "dodgerblue3", "brown1", "firebrick4")) +
  facet_wrap(~Yvar, scales = "free")

但我想使用plotly或类似的东西以交互方式绘制它们，因此当从下拉菜单中选择每个

Yvar

方面时，它会单独出现。

我正在 Rmarkdown 中工作，我希望输出是 html。初始 Markdown 参数为：

---
title: "<span style='font-size: 25px'><b>Something</b></span>"
subtitle: "<span style='font-size: 22px'><u>Something 2</u></span>"
author: "Myname"
date: '`r format(Sys.time(), "%d/%m/%Y")`'
output:
  rmdformats::material:
    highlight: kate
    self_contained: yes
    fig_caption: yes
    fig_height: 8
    fig_width: 12
    thumbnails: false
    lightbox: true
---

我怎样才能实现这个目标？

注意：它不需要是基于facet的图，如果需要，它也可以是ggplots列表。

Answer 1

使用

plotly

包的一种解决方案：

library(plotly)

my_colors <- c("skyblue", "dodgerblue3", "brown1", "firebrick4") |> 
  col2rgb() |> 
  t() |> 
  rgb(maxColorValue = 255)


# plot
mydata |> 
  plot_ly(
    x = ~s0, 
    y = ~GeneFam,
    color = ~Prev,
    colors = my_colors,
    type = "bar",
    transforms = list(
      list(
        type = "filter",
        target = ~Yvar,
        operation = "=",
        value = unique(mydata$Yvar)
      )
    )
  ) |> 
  layout(
    updatemenus = list(
      list(
        x = 1.5,
        y = 1.2,
        type = "dropdown",
        active = 0,
        buttons = lapply(unique(mydata$Yvar),
                         function(x) list(method = "restyle",
                                          args = list("transforms[0].value", x),
                                          label = x)
        )
      )
    )
  )

数据

mydata <- read.table(text="GeneFam  s0  Prev    Yvar
fam_VO056_k119_707118_2 -2.94891455 1.897019    Latitude_c
fam_VO118_k119_1069373_4    -2.63244195 1.897019    Latitude_c
fam_VO015_k119_739705_2 -2.54050825 1.897019    Aridity_Index_v3
fam_VO203_k119_389361_1 -1.25734198 4.336043    MAT_wc2
fam_VO036_k119_254678_4 -1.15872311 1.897019    MAT_wc2", header=TRUE)