如何使用inst/extdata中的文件？ R 包检查阻止在 R 3.6 中使用 system.file()

Question

我正在编写 R 包并尝试使用外部文件。我将其放入

inst/extdata

并使用

system.file("extdata", "file.csv", package = "mypackage")

在我的函数中加载文件。官方手册只描述了这种从

inst/extdata

获取数据的方式。

但是在构建过程中我收到了错误

ERROR: hard-coded installation path: please report to the package maintainer and use '--no-staged-install'

论坛说

system.file()

是不好的做法，但是我应该如何在包中使用行数据？

这个问题是2018年更新后出现的。我发现我可以在DESCRIPTION文件中使用

StagedInstall: no

，但这不是作弊吗？

我想在函数内部使用原始文件（作为预先计算的静态表）并在示例中作为输入文件。我的 R 版本是 3.6.2.

Answer 1

发生错误是因为包源代码是在安装时执行的，而不是在加载包时执行的。此外，从 R 3.6 开始，软件包安装在临时路径内，而不是实际的最终安装位置。 因此，当在文件范围的包内（即不在函数内）直接调用时，

system.file

将返回虚假路径。这就是您收到的错误消息试图传达的内容。

一旦你知道了这一点，解决方案就相当简单了：在包构建过程中不要调用

system.file

。相反，在

包加载

期间调用它；也就是说，在.onLoad

内部：

.onLoad = function (libname, pkgname) {
    ns = topenv()
    ns$datafile = system.file("extdata", "file.csv", package = "mypackage")
}

（更多详情可以在

相关答案

中找到。） 这会导致变量

datafile

在您的包命名空间内创建，您现在可以从其他地方访问它。

论坛说

system.file()

是不好的做法

不，使用

system.file

绝对是

不是

不好的做法；相反，访问您的包扩展数据是“必需”的。不好的做法是在文件范围内调用该函数。但在函数内部调用它就可以了。 我发现我可以在描述文件中使用StagedInstall: no

，但这是作弊，不是吗？

确实，这是“作弊”，绝对不推荐作为正确的解决方案。