从 CRAM 到 fastq 的文件大小

Question

所以我有一些WGS数据，我得到了cram和cram.crai；我想将它们更改为 fastq 我正在使用 samtools:

samtools fastq -O -c 7 C-7507T.cram > C-7507T.fastq.gz cram文件是32G fastq文件是583G

尺寸差异正常吗？

ps：很可能是单端而不是双端

samtools fastq -O -c 7 C-7507T.cram > C-7507T.fastq.gz

Answer 1

CRAM 和 FASTQ 文件之间的大小差异是正常的。由于高效压缩，CRAM 文件更加紧凑，而 FASTQ 文件包含序列数据和质量分数。在您的例子中，32 GB CRAM 文件生成了 583 GB FASTQ 文件，反映了以后一种格式存储的附加信息。