如何在与GNU-parallel并行的同时使csh并行化

Question

我具有以下创建多个对象的脚本。

我尝试仅在终端中运行它，但是似乎花费了很长时间。如何使用GNU-parallel运行它？

下面的脚本创建一个对象。它通过niy = 1到niy = 800，并且对于niy的每个增量，都会循环njx = 1到675。

#!/bin/csh


set njx = 675 ### Number of grids in X
set niy = 800  ### Number of grids in Y
set ll_x = -337500 
set ll_y = -400000 ### (63 / 2) * 1000 ### This is the coordinate at lower right corner
set del_x = 1000
set del_y = 1000

rm -f out.shp
rm -f out.shx
rm -f out.dbf
rm -f out.prj


shpcreate out polygon    
dbfcreate out -n ID1 10 0 



@ n = 0 ### initilzation of counter (n) to count gridd cells in loop
@ iy = 1  ### initialization of conunter (iy) to count grid cells along north-south direction

echo ### emptly line on screen

while ($iy <= $niy)  ### start the loop for norht-south direction
   echo ' south-north'   $iy '/' $niy ### print a notication on screen

   @ jx = 1 
   while ($jx <= $njx)### start the loop for east-west direction 
      @ n++ 


      set x = `echo $ll_x $jx $del_x | awk '{print $1 + ($2 - 1) * $3}'`
      set y = `echo $ll_y $iy $del_y | awk '{print $1 + ($2 - 1) * $3}'`
      set txt = `echo $x $y $del_x $del_y | awk '{print $1, $2, $1, $2 + $4, $1 + $3, $2 + $4, $1 + $3, $2, $1, $2}'`

      shpadd out `echo $txt`
      dbfadd out $n

      @ jx++
   end ### close the second loop

   @ iy++
end ### close the first loop

echo 



### lines below create a projection file for the created shapefile using

cat > out.prj  << eof
PROJCS["Asia_Lambert_Conformal_Conic",GEOGCS["GCS_WGS_1984",DATUM["D_WGS_1984",SPHEROID["WGS_1984",6378137.0,298.257223563]],PRIMEM["Greenwich",0.0],UNIT["Degree",0.0174532925199433]],PROJECTION["Lambert_Conformal_Conic"],PARAMETER["False_Easting",0.0],PARAMETER["False_Northing",0.0],PARAMETER["Central_Meridian",120.98],PARAMETER["Standard_Parallel_1",5.0],PARAMETER["Standard_Parallel_2",20.0],PARAMETER["Latitude_Of_Origin",14.59998],UNIT["Meter",1.0]]
eof

###
###
###

Answer 1

内部执行了540,000次，每次迭代您调用3个awk进程进行3个简单的数学运算……这是160万个awks。

而不是，我编写了一个awk来生成所有循环并进行所有数学运算，然后可以将其馈送到bash或csh中以实际执行它。

我编写了此文件，并在原始版本通过16％的时间内完全运行了它。我尚未对其进行彻底检查，但您应该可以随时更正任何小错误：

#!/bin/bash

awk -v njx=675 -v niy=800 -v ll_x=-337500 -v ll_y=-400000 '
   BEGIN{
      print "shpcreate out polygon"
      print "dbfcreate out -n ID1 10 0"
      n=0

      for(iy=1;iy<niy;iy++){
         for(jx=1;jx<njx;jx++){
            n++
            x = llx + (jx-1)*1000
            y = lly + (iy-1)*1000
            txt = sprintf("%d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",x,y,x, y+dely, x+delx, y+dely, x+delx,y,x,y)
            print "shpadd out",txt
            print "dbfadd out",n
         }
      }
   }' /dev/null

如果输出看起来不错，则可以像这样通过bash或csh运行它：

./MyAwk | csh

---

请注意，我对这些Shapefile（？）工具，shpadd或dbfadd工具一无所知。它们可能无法并行运行-如果它们像sqlite那样并行运行，将无济于事。我想上面的更改足以对您的运行时进行重大改进。如果没有，那么您可以考虑以下其他事项。

• 您可以在以&或dbfadd开头的每一行中附加一个＆符号（shpadd），以便多行并行开始，然后每8行打印一次wait，以便运行8件事并行并行。

• [您可以将脚本的输出直接输入到GNU Parallel，但是我不知道行的顺序是否很关键。

• 我想这是在创建某种数据库。如果在RAM支持的文件系统（例如/tmp）上运行它，则它[[may会更快。