仅在 ggplot 的每个方面绘制最丰富的物种

Question

我有一个数据集，显示了不同年份不同深度发生的各种物种的计数，如下所示：

 df<-data.frame(species = rep(c("A","B","C","D","E"), each = 6),
 year = rep(c(2021,2022), each = 3, times = 5),
 depth = rep(c(10,20,30), times = 10),
 count = sample(1:10, 30, replace = TRUE),
 se = runif(30, 0.1,0.9))

实际上有大约 50 个物种和 10 个地点，但我简化了我的问题。我想绘制一个条形图，其中每个深度的前 3 个最丰富的物种绘制在单独的方面。到目前为止我已经：

 ggplot(head(df,3), aes(x=reorder(species, - count), y=count, fill = year)) + 
 geom_bar(stat="identity", position = "dodge")+
 theme_bw()+
 xlab("Species")+
 ylab("Abundance (count +/- SE)")+
 geom_errorbar(aes(ymin=count-se, ymax=count+se), width=.2,
            position=position_dodge(.9))

但显然这只是绘制了整个数据帧的前 3 行，而不是每个深度的前 3 行。任何帮助将不胜感激！

Answer 1

我想你想要

slice_max

来自 dplyr:

library(dplyr)
library(ggplot2)

slice_max(df, order_by=count, n=3, by=depth) |>
  ggplot(aes(x=species, y=count, fill = factor(year))) + 
  geom_bar(stat="identity", position = "dodge")+
  facet_grid(~depth, scales="free", labeller=label_both)+
  theme_bw()+
  labs(x="Species", y="Abundance (count +/- SE)", fill="Year")+
  geom_errorbar(aes(ymin=count-se, ymax=count+se), width=.2,
                position=position_dodge(.9))