替换特定列中的值，同时保持原始格式不变

Question

我的输入文件有以下格式，

 ATOM      1 Cal  Cal     1      61.270  93.780 100.040  1.00  0.00
 ATOM      2 Cal  Cal     2      12.080  65.560 105.560  1.00  0.00
 ATOM     13 Cal  Cal    13      40.800  13.530  75.100  1.00  0.00
 ATOM    200 Cal  Cal   200     102.620  22.520  97.600  1.00  0.00

我想用值“32.450”替换第 8 列中的所有值，同时保持原始格式（间距）不变。即，预期的输出应该如下所示，

 ATOM      1 Cal  Cal     1      61.270  93.780  32.450  1.00  0.00
 ATOM      2 Cal  Cal     2      12.080  65.560  32.450  1.00  0.00
 ATOM     13 Cal  Cal    13      40.800  13.530  32.450  1.00  0.00
 ATOM    200 Cal  Cal   200     102.620  22.520  32.450  1.00  0.00

我试过简单的awk命令

awk -F " " '{ 
   print $1" " $2" "$3" "$4" "$5" "$6" "$7" "'32.450'" "$9" "$10" 
}' input.pdb > output.pdb

但是，它未能保留原始格式。

任何人都可以帮助我找到更好的方法来做到这一点，最好是使用 awk 或 gawk 吗？

Answer 1

GNU awk:

gawk '
    BEGIN {FIELDWIDTHS="5 7 4 5 6 12 8 8 6 6"; OFS=""}
    {$8="  32.450"; print}
' file

输入

 ATOM      1 Cal  Cal     1      61.270  93.780 100.040  1.00  0.00
 ATOM      2 Cal  Cal     2      12.080  65.560 105.560  1.00  0.00
 ATOM     13 Cal  Cal    13      40.800  13.530  75.100  1.00  0.00
 ATOM    200 Cal  Cal   200     102.620  22.520  97.600  1.00  0.00

输出

 ATOM      1 Cal  Cal     1      61.270  93.780  32.450  1.00  0.00
 ATOM      2 Cal  Cal     2      12.080  65.560  32.450  1.00  0.00
 ATOM     13 Cal  Cal    13      40.800  13.530  32.450  1.00  0.00
 ATOM    200 Cal  Cal   200     102.620  22.520  32.450  1.00  0.00

Answer 2

如果您在示例输入中一直具有固定宽度的列：

$ awk '{ print substr($0,1,47) " 32.450" substr($0,55) }' f.txt
ATOM      1 Cal  Cal     1      61.270  93.780  32.450  1.00  0.00
ATOM      2 Cal  Cal     2      12.080  65.560  32.450  1.00  0.00
ATOM     13 Cal  Cal    13      40.800  13.530  32.450  1.00  0.00
ATOM    200 Cal  Cal   200     102.620  22.520  32.450  1.00  0.00

Answer 3

只需告诉

sed

抓住前 7 个块，跳过第 8 个并打印 7，然后是

32.450

.

$  sed -r 's/(( +[^ ]+){7}) +[^ ]+/\1  32.450/' file
ATOM      1 Cal  Cal     1      61.270  93.780  32.450  1.00  0.00
ATOM      2 Cal  Cal     2      12.080  65.560  32.450  1.00  0.00
ATOM     13 Cal  Cal    13      40.800  13.530  32.450  1.00  0.00
ATOM    200 Cal  Cal   200     102.620  22.520  32.450  1.00  0.00