MATLAB配置为在搜索用户可修改的动态路径之前搜索其静态java类路径。不幸的是，静态路径包含相当多的非常旧的公共库，因此如果您尝试使用新版本，最终可能会加载错误的实现并获得错误。
例如，静态路径包含google-collections.jar的旧副本，该副本长期以来被Google的guava库取代，并且具有一些相同的类名（例如com.google.common.base.Objects）。因此，如果你调用一个使用这种类之一的新方法的Guava方法，你最终会得到令人惊讶的NoSuchMethodErrors，因为首先找到了google-collections jar。
从R2012b开始，MATLAB允许您通过在首选项文件夹中放置javaclasspath.txt文件来指定要添加到静态路径的其他jar，但是将jar添加到路径的末尾，并且不允许您覆盖生成的jar进入MATLAB。
那么最好的解决方法是什么？
我收到了Mathworks的正式回复：
从MATLAB R2013a（也在R2012b中）开始，通过在javaclasspath.txt中包含以下行，可以将类添加到静态Java类路径的前面：
<before>
javaclasspath.txt中此行之后的任何目录都将添加到静态Java类路径的前面。从R2013a开始，这是对javaclasspath.txt的未记录使用。
但总体而言，在MATLAB中，通过MATLAB 8.0（R2012b）中的javaclasspath.txt无法将类添加到静态Java类路径的前端。
MATLAB按以下顺序搜索classpath.txt：
虽然最终用户通常不使用第2点的MATLABPATH环境变量，但我们可以在变通方法中使用它来允许读取工具箱/本地目录之外的自定义classpath.txt。
在Windows上：
您需要创建MATLABPATH环境变量。它上面的第一个目录应该是你的自定义classpath.txt的目录。你还需要添加toolbox \ local目录作为第二个选项。所以从cmd提示符你可以做到：
设置MATLABPATH = c：\ Users \ user \ Documents \ myMATLABClasspath; c：\ Program Files \ MATLAB \ R2012b \ toolbox \ local matlab.exe
一个似乎有用的黑客是将jar添加到classpath.txt文件的顶部，该文件可以在MATLAB安装工具箱/本地文件夹中找到。不幸的是，这是自动生成的，并且可能会在某些未指定的时间重写，例如当您安装新的工具箱时，因此这种方法需要您在发生这种情况时需要注意并重新应用黑客。
如果您正在分发一个打算与matlab一起使用的jar，那么最好使用http://code.google.com/p/guava-libraries/wiki/UsingProGuardWithGuava中描述的proguard。
如果指定要保留所有类及其（公共）字段和方法并将guava包含为程序jar（而不是库），则它将重命名所有guava的方法并更新已编译的字节码以引用新的名。
它看起来有点像hackish，但是根据受众的不同，它可能比教你的用户关于静态和动态类路径要容易得多，并且它不会破坏任何依赖于旧行为的matlab代码。
我没有按照@ user2443532的建议对包进行模糊处理，而是发现更容易“遮蔽”冲突的包而不是混淆包 - 除非你真的需要混淆。一个简单的方法是使用Maven构建包并使用maven-shade-plugin。内部调用会自动修改，因此您无需修改任何Java代码。
需要修改Matlab的直接调用 - 例如，调用com.opensource.Class成为shaded.com.opensource.Class。
有关着色的更多信息，请参阅What is the maven-shade-plugin used for, and why would you want to relocate Java packages?