rpy2处理从R到Python的数据帧中的NA /缺失值的问题

Question

当使用rpy2包将R中保存的dataframe转换为Python时，我遇到了一个问题。

import os
os.environ['R_HOME'] = '/Library/Frameworks/R.framework/Resources'

import rpy2.robjects as ro
from rpy2.robjects import pandas2ri

# define a trivial dataframe in R
ro.r('n = c(1,2)')
ro.r("b = c(NA,'def')")
ro.r("temp_df = data.frame(n,b)")

# the dataframe in R shows missing value in one cell as NA
temp_rdf = ro.r('temp_df')
print(temp_rdf)

  n    b
1 1 <NA>
2 2  def

# yet the transformed Python dataframe replace the missing value with a string
temp_pydf = pandas2ri.ri2py(temp_rdf)
print(temp_pydf)

     n    b
1  1.0  def
2  2.0  def

我做了一些搜索，发现这篇文章Rpy2 pandas2ri.ri2py() is converting NA values to integers。它解释了原因，但没有提供解决方案。我想在Python中为N数据帧中的NA设置Null值。我怎么能这样做？

Answer 1

更新：http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/rinterface.html

以上链接可能对某些设置有用。如果你找到“NA”（包括空格“并进入第二次击中。有一个看起来与你的NA问题有关。

原帖：假设输出中显示的“def”以字符串形式出现，您可以将其替换为您确信不是数据中的值的字符串，然后使用此字符代替NA值进来：

此示例代码说明了该概念。

x = "def"
type(x)
x = x.replace("def", "NA")
x

看看你的源有两行的问题，这两行都说“def”是来自数据的另一行，另一行是NA转换为def：

1. 将'def'转换为R中的其他内容
2. 引入你的数据
3. 现在'def'意味着NA
4. 使用它或将其转换为您可以忍受的东西

这是您经常遇到的问题吗？

1. 如果是这样，创建一个测试函数来检查你的数据'def'
2. 如果找到替换为疯狂的东西你知道数据将不会像：my_crazy_replacementValue
3. 用您想要的NA替换“def”替换
4. 用“def”替换my_crazy_replacementValue

在Python中，NA的最常见值，我认为是None。不幸的是，您不能使用None替换值：

string.replace()

应该有一个更好的答案似乎是合理的：将数据帧中的指定值转换为None的“Pythonic”方式。当我有机会时，我必须检查Pandas - >数据框，然后我可以重新登录并编辑这一段（或者也许其他人会打败我）。希望上述内容可能在过渡期间对您有所帮助。