合并两个自定义.gtf文件（r）

Question

我有两个自定义文件，并且一直试图将它们组合成一个.gtf文件，最终为Kallisto制作一个自定义Fasta。我一直在R中使用biostrings库（bioconductor），并已读取两个文件作为Genomic Ranges [Genomic Ranges]。

genes.gf <-readGFFAsGRanges("novel_genes.gtf")
isoforms.gf <-readGFFAsGRanges("novel_isoforms.gtf")
但是，当我尝试使用cat组合它们时，出现错误：

cat(genes.gf, isoforms.gf, file = "custom.gf")
cat（tgenes.gf，isoforms.gf，file =“ custom.gf”）中的错误：参数1（类型“ S4”）不能由“猫”处理]

rbind似乎也不起作用：

rbind(genes.gf, isoforms.gf, file = "custom.gf")
给出此错误：rbind2（argl [[i]]，r）中的错误：没有将此S4类强制为向量的方法

我对此还很陌生，任何建议都将不胜感激！

我有两个自定义文件，并且一直试图将它们组合成一个.gtf文件，最终为Kallisto制作一个自定义Fasta。我一直在R和...

Answer 1

中使用biostrings库（bioconductor）

我制作了两个示例gtf文件：