铸造和熔化数据

问题描述 投票:0回答:1

我有以下data.table:

    CASEID VISIT AVWEIGHT med.corrected DLYDOSE DLYFREQ
 1:   1004    10     55.5    LISINOPRIL   20.00       2
 2:   1004    20     53.9    LISINOPRIL   10.00       1
 3:   1004    30     60.4    LISINOPRIL   10.00       1
 4:   1004    40     61.3    LISINOPRIL   10.00       1
 5:   1044    10     24.7    LISINOPRIL    2.50       1
 6:   1044    20     28.1    LISINOPRIL    2.50       1
 7:   1072    10     17.3    AMLODIPINE    2.50       1
 8:   1072    20     18.3   CANDESARTAN    2.00       1
 9:   1072    20     18.3    AMLODIPINE    1.25       1
10:   1072    30     20.9   CANDESARTAN    4.00       1
11:   1072    30     20.9    AMLODIPINE    2.50       1
12:   1072    40       NA   CANDESARTAN    4.00       1
13:   1072    40       NA    AMLODIPINE    2.50       1
14:   1072    60     29.6   CANDESARTAN    4.00       1
15:   1072    60     29.6    AMLODIPINE    2.50       1
16:   1072    70     34.1   CANDESARTAN    4.00       1
17:   1072    70     34.1    AMLODIPINE    2.50       1
18:   1072    80     42.0    LISINOPRIL    2.50       1
19:   1072    80     42.0    AMLODIPINE    2.50       1
20:   1072    90     49.8    AMLODIPINE    2.50       1
21:   1078    10     68.1    LISINOPRIL   20.00       1
22:   1092    10    108.4    LISINOPRIL   40.00       1
23:   1092    20    120.5    LISINOPRIL   40.00       1
24:   1092    30    131.5    LISINOPRIL   40.00       1
25:   1092    40    123.1    LISINOPRIL   40.00       1
26:   1096    10    129.3    AMLODIPINE   15.00       1
27:   1100    10     56.3    LISINOPRIL   10.00       1
28:   1100    20     72.8    LISINOPRIL   10.00       1
29:   1132    10     52.2    LISINOPRIL    5.00       1
30:   1132    20     52.3    LISINOPRIL    5.00       1

请注意,对于某些CASEID / VISIT / AVWEIGHT组合,有多种不同的药物(med.corrected),每种药物都有相应的DLYDOSE和DLYFREQ(例如,参见第8和9行)。我知道在所有数据中,大约有800种独特的CASEID,并且有大约20种不同的感兴趣的药物。

我想将它重新排列成一个data.table,标题如下所示。关键是每一行应代表给定的VISIT给定CASEID的所有药物及其剂量信息:

CASEID VISIT AVWEIGHT med.corrected_1 med.corrected_2  med.corrected_3 ... med.corrected_20

每种药物的DLYDOSE值应在med.corrected_1至med.corrected_20的列中。

这可能是显而易见的,但大多数患者对于上述柱子上的大多数药物都会有NA,因为他们可能只服用1或2种药物。不过,对于我的分析,我想按上述方式安排。我对R来说比较新,但是已经检查了一些教程和问题,我认为最接近我的问题列在这里:Using melt / cast with variables of uneven length in R

我尝试使用铸造和熔化但不成功。

dt.m1 = melt(dt,id = c(“CASEID”,“VISIT”,“AVWEIGHT”))然后...... dt.c1 = dcast(dt.m1,CASEID + VISIT~variable,value.var =“值”)

以及这些函数的几种变体,但没有一种能够根据需要创建附加列和组织数据。

我将不胜感激任何帮助。

r casting reshape2 melt
1个回答
0
投票

这是使用tidyverse的解决方案:

库(tidyverse)

> data <- data.frame(
+   CASEID =c(1004,1004,1004,1004,1004,1004,1004,1072,1072,1072),
+   VISIT =c(19,20,30,40,10,20,10,20,20,30),
+   AVWEIGHT =c(5 .... [TRUNCATED] 

> spread(data, med.corrected, DLYDOSE)
  CASEID VISIT AVWEIGHT DLYFREQ AMLODIPINE CANDESARTAN LISINOPRIL
1   1004    10     17.3       1       2.50          NA         NA
2   1004    10     24.7       1         NA          NA        2.5
3   1004    19     55.5       2         NA          NA       20.0
4   1004    20     28.1       1         NA          NA        2.5
5   1004    20     53.9       1         NA          NA       10.0
6   1004    30     60.4       1         NA          NA       10.0
7   1004    40     61.3       1         NA          NA       10.0
8   1072    20     18.3       1       1.25           2         NA
9   1072    30     20.9       1         NA           4         NA
> 
© www.soinside.com 2019 - 2024. All rights reserved.