我有以下data.table:
CASEID VISIT AVWEIGHT med.corrected DLYDOSE DLYFREQ
1: 1004 10 55.5 LISINOPRIL 20.00 2
2: 1004 20 53.9 LISINOPRIL 10.00 1
3: 1004 30 60.4 LISINOPRIL 10.00 1
4: 1004 40 61.3 LISINOPRIL 10.00 1
5: 1044 10 24.7 LISINOPRIL 2.50 1
6: 1044 20 28.1 LISINOPRIL 2.50 1
7: 1072 10 17.3 AMLODIPINE 2.50 1
8: 1072 20 18.3 CANDESARTAN 2.00 1
9: 1072 20 18.3 AMLODIPINE 1.25 1
10: 1072 30 20.9 CANDESARTAN 4.00 1
11: 1072 30 20.9 AMLODIPINE 2.50 1
12: 1072 40 NA CANDESARTAN 4.00 1
13: 1072 40 NA AMLODIPINE 2.50 1
14: 1072 60 29.6 CANDESARTAN 4.00 1
15: 1072 60 29.6 AMLODIPINE 2.50 1
16: 1072 70 34.1 CANDESARTAN 4.00 1
17: 1072 70 34.1 AMLODIPINE 2.50 1
18: 1072 80 42.0 LISINOPRIL 2.50 1
19: 1072 80 42.0 AMLODIPINE 2.50 1
20: 1072 90 49.8 AMLODIPINE 2.50 1
21: 1078 10 68.1 LISINOPRIL 20.00 1
22: 1092 10 108.4 LISINOPRIL 40.00 1
23: 1092 20 120.5 LISINOPRIL 40.00 1
24: 1092 30 131.5 LISINOPRIL 40.00 1
25: 1092 40 123.1 LISINOPRIL 40.00 1
26: 1096 10 129.3 AMLODIPINE 15.00 1
27: 1100 10 56.3 LISINOPRIL 10.00 1
28: 1100 20 72.8 LISINOPRIL 10.00 1
29: 1132 10 52.2 LISINOPRIL 5.00 1
30: 1132 20 52.3 LISINOPRIL 5.00 1
请注意,对于某些CASEID / VISIT / AVWEIGHT组合,有多种不同的药物(med.corrected),每种药物都有相应的DLYDOSE和DLYFREQ(例如,参见第8和9行)。我知道在所有数据中,大约有800种独特的CASEID,并且有大约20种不同的感兴趣的药物。
我想将它重新排列成一个data.table,标题如下所示。关键是每一行应代表给定的VISIT给定CASEID的所有药物及其剂量信息:
CASEID VISIT AVWEIGHT med.corrected_1 med.corrected_2 med.corrected_3 ... med.corrected_20
每种药物的DLYDOSE值应在med.corrected_1至med.corrected_20的列中。
这可能是显而易见的,但大多数患者对于上述柱子上的大多数药物都会有NA,因为他们可能只服用1或2种药物。不过,对于我的分析,我想按上述方式安排。我对R来说比较新,但是已经检查了一些教程和问题,我认为最接近我的问题列在这里:Using melt / cast with variables of uneven length in R
我尝试使用铸造和熔化但不成功。
dt.m1 = melt(dt,id = c(“CASEID”,“VISIT”,“AVWEIGHT”))然后...... dt.c1 = dcast(dt.m1,CASEID + VISIT~variable,value.var =“值”)
以及这些函数的几种变体,但没有一种能够根据需要创建附加列和组织数据。
我将不胜感激任何帮助。
这是使用tidyverse的解决方案:
库(tidyverse)
> data <- data.frame(
+ CASEID =c(1004,1004,1004,1004,1004,1004,1004,1072,1072,1072),
+ VISIT =c(19,20,30,40,10,20,10,20,20,30),
+ AVWEIGHT =c(5 .... [TRUNCATED]
> spread(data, med.corrected, DLYDOSE)
CASEID VISIT AVWEIGHT DLYFREQ AMLODIPINE CANDESARTAN LISINOPRIL
1 1004 10 17.3 1 2.50 NA NA
2 1004 10 24.7 1 NA NA 2.5
3 1004 19 55.5 2 NA NA 20.0
4 1004 20 28.1 1 NA NA 2.5
5 1004 20 53.9 1 NA NA 10.0
6 1004 30 60.4 1 NA NA 10.0
7 1004 40 61.3 1 NA NA 10.0
8 1072 20 18.3 1 1.25 2 NA
9 1072 30 20.9 1 NA 4 NA
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