如何用bray-curtis相似度值绘制椭圆？

Question

我想做一个nMDS分析，我想在我的图表中添加代表bray-curtis相似度百分比的椭圆，但我不知道如何用R做这个，你可以用PRIMER做这种类型的图形但是我假设R也是。我该怎么做？

我希望我的图形看起来像这样：graph

Answer 1

我从未使用过PRIMER，我不知道这些图是如何绘制的，但我必须从你发布的图表中猜出来。可能是你首先得到一个聚类树形图（函数hclust），然后用树高（函数cutree）剪切它，然后为这些（vegan::ordiellipse(..., kind = "ehull")）绘制封闭的椭圆。如果是这样，这应该可以解决问题：

library(vegan)
data(BCI)
d <- vegdist(BCI)
ord <- metaMDS(d, trace=FALSE)
cl <- hclust(d, "average") # using average linkage
plot(cl, hang=-1)
rect.hclust(cl, h=0.4, border="red") # to see the clusters
rect.hclust(cl, h=0.5, border="cyan")
rect.hclust(cl, h=0.6, border="blue")
plot(ord) # then ordination & enclosing ellipses
ordiellipse(ord, cutree(cl, h=0.4), kind="ehull", col="red", lwd=2)
ordiellipse(ord, cutree(cl, h=0.5), kind="ehull", col="cyan", lwd=2)
ordiellipse(ord, cutree(cl, h=0.6), kind="ehull", col="blue", lwd=2)

我调整了当前树形图的限制。 ordiellipse会为每个单项课程提供错误信息，但它们是无害的（我必须从这些中清除功能）。