Network graph error: failed to validate StaticLayoutProvider(id='1058', ...).graph_layout:

Question

我设法解决了一半的问题所以我修改了这篇文章，我现在遇到的唯一问题是没有记录的错误类型找到解决方案，如果有人知道为什么会发生这个错误，可以给我一些建议或一些链接引导我找到解决方案，我将不胜感激。

我的节点是来自 Dataframe 的列表列表，我的边缘来自元组列表。

我知道以下错误可能是由于我在 G=nx.Graph() 中涉及的节点和边， 但是如果我只需要一个静态图，它们运行良好，但是当我需要一个动态图时不知道如何修改它。

以下是我的部分代码：

    ...
    nodelist = [A, B, C, D, E, F, G, H, N, O, P, Q, R]
    #create empty graph
    G = nx.Graph()
    
    node_list = []
    for sublist in nodelist:
        for item in sublist:
            node_list.append(item)
    for i in node_list:
        G.add_node(i)  
    
    G.nodes()
    
    edges = set(AB+BC+CN+NE+ED+DO+OP+PQ+QH+HG+GF+FR+BE+HR)
    # edges
    
    G.add_edges_from(edges)
    
    pos = nx.fruchterman_reingold_layout(G, scale=4)
    
    #nx.draw_networkx(G, pos=pos, nodelist=nodelist[0], with_labels=False, node_size=10, node_color='#FF0000', font_size=5, width=2)
    ...
    plot = Plot(plot_width=400, plot_height=400,x_range=Range1d(-1.1, 1.1), y_range=Range1d(-1.1, 1.1))
        
    title = "track-dynamic graph"
        
    HOVER_TOOLTIPS = [("a", "@index"), ("b", "@type")]
        
    plot = figure(tooltips = HOVER_TOOLTIPS, tools="pan,wheel_zoom,save,reset", active_scroll='wheel_zoom',x_range=Range1d(-10.1, 10.1), y_range=Range1d(-10.1, 10.1), title=title)
        
    network_graph = from_networkx(G, nx.spring_layout, scale=10, center=(0, 0))
    
    network_graph.node_renderer.glyph = Circle(size=3, fill_color='blue')
        
    network_graph.edge_renderer.glyph = MultiLine(line_alpha=0.5, line_width=1)
        
    plot.renderers.append(network_graph)
        
    show(plot)

上面的散景代码给我以下错误：

ValueError: 无法验证 StaticLayoutProvider(id='1058', ...).graph_layout: 需要一个 Dict(Either(String, Int), Seq(Any)) 的元素，得到 {'6600d5067598ac904ac8e1ed3d3760c0': array([- 1.67995763, 3.53275585]), 'd151da7d698cd5a6f6957ca77549ebbe': array([-5.69608212, 0.91764808])...

Answer 1

你在没有提供所有必需参数的情况下调用

from_networkx

。您必须提供

layout_function

参数，它控制您想要的布局类型。您可以将任何内置的布局功能传递给networkx。 Bokeh networkx 集成用户指南 中明确演示了提供此必需参数，例如

import networkx as nx

graph = from_networkx(G, nx.spring_layout, ...) # use spring_layout

Answer 2

这是重现问题的帖子

在 python 3.9.14 和 bokeh 3.1.0 上有同样的问题

ValueError: failed to validate StaticLayoutProvider(id='p1076', ...).graph_layout: expected an element of Dict(Int, Seq(Any)), got {'Aemon': array([-0.31649242,  2.58870237]), 'Grenn': array([-0.74669326,  4.67785828]), 'Samwell': array([-2.08387338,  4.10110813]), 'Doran': array([4.01849557, 1.36418261]), 'Walton': array([-2.55845497, -4.56622778])}

重现问题：

1. 从下载 jupyter notebook https://github.com/melaniewalsh/Intro-Cultural-Analytics/blob/master/book/06-Network-Analysis/02-Making-Network-Viz-with-Bokeh.ipynb
2. 从https://github.com/melaniewalsh/Intro-Cultural-Analytics/blob/master/book/data/got-edges.csv下载数据
3. 运行笔记本

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