你有过这样的错误吗？-Newick 字符串中左右括号的数量不相等-R 中的树

Question

尝试读取树时会发生上述错误。

tree <- read.tree(paste0(table_dir,'tree.19.08.tre'))

我尝试重现该错误，但对于其他树，例如使用

iris

示例数据集，它工作得很好。该树是用

 write.tree(tree, file='C:/Users/J/Desktop/proj/d/t/tree.19.08.tre',append = FALSE)

生成的。我可以在FigTree程序（基于javascript）中查看

tree

。也许看起来有点奇怪，但为什么我不能在 R 中打开它？
有什么建议吗？

这是无花果树中

tree

的剪纸，以防有帮助;)

这是完整的错误：

Fehler in FUN(X[[i]], ...) : numbers of left and right parentheses in Newick string not equal
3.
FUN(X[[i]], ...)
2.
lapply(STRING, .treeBuild)
1.
read.tree(paste0(table_dir, "tree.19.08.tre"))

Answer 1

我也遇到了同样的问题，我也无法用

DECIPHER

加载它，但我用

phytools

做到了：

library(phytools)
tree = read.newick(treeFileName)

探索加载的

phylo

对象我意识到树不正确，原因是树的叶子包含在名称分号中，因为它在某些分类格式中是通用的，例如

d__细菌;p__变形菌;c__伽马变形菌

问题是分号以 newick 格式表示树的结尾。只需将分号转换为其他符号，例如

d__细菌|p__变形菌|c__伽马变形菌

解决了问题。

Answer 2

加载从同事那里得到的树时，我遇到了完全相同的错误。 但我能够使用加载它

tree <- DECIPHER::ReadDendrogram(treeFileName)

Answer 3

这可能是因为您的 ID 有“'”、“`”、“;” 您可以使用它来编辑您的树文件

sed“s/'//g”树