分段SEM中的零膨胀模型

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我分析了现场实验中的蜜蜂观察结果,我想应用SEM。分段sem(psem)似乎最合适。我的问题是,由于许多观察到的蜜蜂为零,因此我的数据高度为零。到目前为止,我在分析中使用了glmmTMB和nbinom2-distribution,效果很好。不幸的是,glmmTMB和nbinom2没有在psem中实现,我现在不知道是否以及如何将psem应用于数据。

[通过分段学,我想研究处理(花条,树篱……)对花的丰度(由于计数变化很大,我想进行对数转换)和植物种类丰富度的影响,以及最后考虑了月份和年份,从而充分利用了蜜蜂的数量。这样,我想量化植被变量的贡献和处理的直接效果,并希望找到一个指示,说明这些处理是否在其他特性上是否也不同,而不仅仅是花量和植物种类丰富。

psem模型包括用于治疗(FF,HC,HI)和观察月份的几个虚拟变量。 w_b_abu表示蜜蜂的丰度,pl_abu表示花的丰度(pl_abu_ln =对数转换),pl_sr表示植物物种丰富度。

我的代码如下:

w_b_abu_sem <- psem(
  glmer(w_b_abu  ~ FF + HC + HI + pl_abu_ln + pl_sr + april + may + june + july + august + september + years + (1|site), dat_treat_habitat, family = "poisson"),
  lmer(pl_abu_ln  ~ FF + HC + HI + april + may + june + july + august + september  + years +  (1|site),  dat_treat_habitat),
  glmer(pl_sr  ~ FF + HC + HI + pl_abu_ln + april + may + june + july + august + september  + years + >  (1|site), dat_treat_habitat, family = "poisson"),
  dat_treat_habitat)

然而,此SEM无法通过“模型无法通过max | grad | = ...进行收敛”进行收敛(由于子模型1和3)。无论如何,泊松误差分布实际上并不适合数据。在先前的分析中,我使用了“ nbinom2”,效果更好,但未在psem中实现。子模型1是高度零充气的(已通过Dharma测试)。

[[我的问题是,是否有可能在psem中包括具有nbinom2-distribution的零膨胀模型。

如果没有,您还有其他想法如何将psem应用于数据?我的想法是转换变量以使其呈正态分布。那合适吗?如果是这样,哪种转换方式最好?

为了测试psem,我对响应进行了缩放,以使它们“呈正态分布”(实际上并非如此)。此psem版本有效,但我担心它违反了一些统计假设:

w_b_abu_sem <- psem( lmer(w_b_abu_scaled ~ FF + HC + HI + pl_abu_ln + pl_sr_scaled + april + may + june + july + august + september + years + (1|site), dat_treat_habitat), lmer(pl_abu_ln ~ FF + HC + HI + april + may + june + july + august + september + years + (1|site), dat_treat_habitat), lmer(pl_sr_scaled ~ FF + HC + HI + pl_abu_ln + april + may + june + july + august + september + years + (1|site), dat_treat_habitat), dat_treat_habitat)

这是我的数据表的头:

w_b_abu pl_abu pl_abu_ln pl_sr FF HC HI april may june july august september years 1 0 730 6.593045 2 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 2 3 51 3.931826 4 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 3 3 41 3.713572 3 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 4 0 43 3.761200 4 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 5 4 126 4.836282 3 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 6 0 0 0.000000 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0

非常感谢您的帮助,在此先感谢您!这是我第一次在这里提出问题,希望我不要错过任何事情。如果需要,我还可以上传完整的数据集。
r zero piecewise
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我让模型在没有glmmTMB的情况下运行。它以这种方式工作(没有零通货膨胀):

w_b_abu_sem <- psem( glmer.nb(w_b_abu ~ FF + HC + HI + pl_abu_ln + pl_sr + april + may + june + july + august + september + years + (1|site), dat_treat_habitat, control=glmerControl(optimizer="bobyqa"), nAGQ=0), lmer(pl_abu_ln ~ FF + HC + HI + april + may + june + july + august + september + years + (1|site), dat_treat_habitat), glmer(pl_sr ~ FF + HC + HI + pl_abu_ln + april + may + june + july + august + september + years + (1|site), dat_treat_habitat, family = "poisson", control=glmerControl(optimizer="bobyqa"), nAGQ=0), dat_treat_habitat)

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