用R绘制每个波长的每个/某些PCA组分的R2

Question

我有使用PCA的一些经验，但这是我第一次尝试将PCA用于光谱数据......

我有一个带有光谱的大数据，我使用prcomp命令计算整个数据集的PCA。我的结果显示，3个成分解释了99％的方差。

我想绘制每个波长（步长为4,200-1000 nm）的三个PCA组件中每一个的贡献，就像我在本网站上找到的图2的例子：https://learnche.org/pid/latent-variable-modelling/principal-component-analysis/pca-example-analysis-of-spectral-data

有没有人有一个代码如何在R中做到这一点？

谢谢

Answer 1

我相信变量载荷的矩阵可以在model.pca$rotation中找到，参见prcomp documentation。所以这样的事情应该做（使用链接网站上的例子）：

file <- 'http://openmv.net/file/tablet-spectra.csv'
spectra <- read.csv(file, header = FALSE)
n.comp <- 4

model.pca <- prcomp(spectra[,2:651],
                    center = TRUE,
                    scale =TRUE,
                    rank. = n.comp)
summary(model.pca)


par(mfrow=c(n.comp,1))
sapply(1:n.comp, function(comp){
  plot(2:651, model.pca$rotation[,comp], type='l', lwd=2,
       main=paste("Comp.", comp), xlab="Wavelength INDEX")

})

我没有波长值，所以我在这里使用了数组的索引;输出如下。