如何使用ggpubr获取点图和误差条图（没有线条的ggline）？

Question

我已经学习了一些关于使用 ggpubr 的教程，我似乎已经掌握了它的窍门。然而，我不需要 ggline() 图，而只想要一个点和误差条图（即，我们使用 ggline 得到的结果，但没有线条）。我通常使用 ggplot 中的 geom_point() + geom_bar() 制作此图，但由于 ggpubr 有自己的绘图函数，我不确定如何使用 stat_compare_means() 和 stat_pvalue_manual() 将显着性指标添加到绘图类型中想要。

下面是我正在使用的代码，但我想制作它，以便获得与此处类似的图片：

# Line plot of mean +/-se
ggline(ToothGrowth, x = "dose", y = "len", add = "mean_se")+
  stat_compare_means() +                                         # Global p-value
  stat_compare_means(ref.group = "0.5", label = "p.signif",
                     label.y = c(22, 29))  

对于像我这样感兴趣的新手，这里有 ggpubr 上的两个很好的页面： http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots/76-add-p-values-and-significance-levels-to-ggplots/ https://www.datanovia.com/en/blog/how-to-add-p-values-to-ggplot-facets/

我尝试过使用 ggdotplot，但这更多的是散点图，而不是仅仅为每个条件的平均值给出一分。

Answer 1

ggpubr

适合快速绘图。但当谈到定制时，你迟早会达到极限。虽然有一些 hacky 方法，即操纵

ggplot

返回的

ggline

对象，但我建议使用

ggplot2

:

从头开始构建你的图

library(ggpubr)
#> Loading required package: ggplot2
library(ggplot2)

ggplot(ToothGrowth, aes(factor(dose), len)) +
  stat_summary(geom = "errorbar", width = .1) +
  stat_summary(geom = "point") +
  theme_pubr() +
  stat_compare_means() + # Global p-value
  stat_compare_means(
    ref.group = "0.5", label = "p.signif",
    label.y = c(22, 29)
  )