如何从 .svs Aperio 整个幻灯片图像编辑元数据？

Question

我有 .svs 格式的整个幻灯片图像，已使用 Leica aperio 扫描进行数字化。 感谢 openslide 包 (https://openslide.org/)，我发现这些 .svs 文件包含大量元数据，尤其是可以包含患者相关信息的“文件名”。 我想完全匿名化这些元数据，但几天后，我还没有找到一种方法来做到这一点。

我试过了：

• svs-deidentifier (https://pearcetm.github.io/svs-deidentifier/)
• anonymize-slide (https://github.com/bgilbert/anonymize-slide) 它们都可以很好地从 .svs 文件中删除标签和缩略图，但它们都不会修改元数据。

那么，我想知道是否可以使用 openslide 编辑 .svs 元数据？或者任何其他 python 包？或者其他第三方软件（Qupath、imageJ...）？ 请问您是否已经遇到过这个问题，可以告诉我吗？如果您有任何线索可以解决这个问题？

Answer 1

forum.image.sc 的有人给了我问题的答案 (1) :

"""
Created on Fri Dec  2 12:28:03 2022

@author: [email protected]
"""
import tifffile

def replace_filename(svs_path,new_name):
    fp = open(svs_path, 'r+b')
    t = tifffile.TiffFile(fp)
    org_description = t.pages[0].description
    str1 = org_description.split("|Filename = ",1)
    f_name = str1[1].split("|",1)
    print('file name found: ' + f_name[0])
    t.pages[0].tags['ImageDescription'].overwrite(t.pages[0].description.replace(f_name[0],new_name))
    t.pages[1].tags['ImageDescription'].overwrite(t.pages[1].description.replace(f_name[0],new_name))
    fp.close()

replace_filename('CMU-1.svs','去识别化名称')

请您的