Github R 包和 Rcpp 导出

Question

我正在尝试理解来自 Github 的包（该包在 R cran 中不可用）。

但是，我找不到在该包中的其他函数中实际调用的几个函数！

如果我用任何其他名称定义一个已经定义的函数，该函数将不起作用。例如，假设包中有一个函数

oldfunction <- function (nn){m <- nn} 我复制了

oldfunction

的整个源代码，并将其定义为

myfunction <- function (nn){m <- nn}

。这里 

oldfunction

 有效，但是 

myfunction

 给了我一个错误。

我可以看到作者的github链接中有代码文件说他们已经使用了

Rcpp Exports

。问题是我在这里完全是门外汉。

Rcpp Exports

是否使用

C++

中定义的函数，而作者在其 github Rcode 文件中可能未提供这些函数？

我真的很感激这方面的任何建议。

Answer 1

包通常使用未导出的内部函数，即您无法使用

internal_fun

 获取它们。你需要做

package:::internal_fun

。例如，考虑 

contrasts()

 包（默认加载的基础包）的 

stats

，里面有一个 

.Diag()

 函数。

> contrasts
function (x, contrasts = TRUE, sparse = FALSE) 
{
    [...]
    if (!contrasts) 
        return(.Diag(levels(x), sparse = sparse))
    [...]
}
<bytecode: 0x573380b6c578>
<environment: namespace:stats>

即使加载了

stats

 命名空间，

> any(grepl('stats', loadedNamespaces()))
[1] TRUE

.Diag

找不到。

> .Diag
Error: object '.Diag' not found

使用

`:::`

 会起作用：

> stats:::.Diag
function (nms, sparse) 
{
    n <- as.integer(length(nms))
    d <- c(n, n)
    dn <- list(nms, nms)
    if (sparse) {
        if (!suppressPackageStartupMessages(requireNamespace("Matrix"))) 
            stop(gettextf("%s needs package 'Matrix' correctly installed", 
                "contr*(.., sparse=TRUE)"), domain = NA)
        methods::new("ddiMatrix", diag = "U", Dim = d, Dimnames = dn)
    }
    else array(c(rep.int(c(1, numeric(n)), n - 1L), 1), d, dn)
}
<bytecode: 0x57337f73d3b0>
<environment: namespace:stats>

结论

在复制的源代码中，将

internal_fun

 替换为 

package:::internal_fun

 以使其正常工作。为了避免安装相应的包，您还可以复制 

package:::internal_fun

 的源代码（有时这可能是一个深度嵌套的工作）。