R中和弦图的变化范围

Question

我在R中有一个相关矩阵如下：

dat <- as.matrix(cbind(c(1.0000000, 0.5161944, 0.5190630, 0.3717464, 0.5719125),
               c(0.5161944, 1.0000000, 0.2549985, 0.8469740, 0.7761113),
               c(0.5190630, 0.2549985, 1.0000000, 0.2130771, 0.2930945),
               c(0.3717464, 0.8469740, 0.2130771, 1.0000000, 0.5652874),
               c(0.5719125, 0.7761113, 0.2930945, 0.5652874, 1.0000000))
)
colnames(dat) <- c(paste0("X",1:ncol(dat)))
rownames(dat) <- c(paste0("X",1:ncol(dat)))

我想创建一个和弦图以便可视化相关性。我使用以下代码来创建一个简单的版本：

circos.par(gap.degree = 0.8)
chordDiagram(dat, transparency = 0.5)

结果是这样的：

如何更改每个

X

中的网格值，我想将它们从 0 显示到 1，步长为 0.25。根据我使用的功能，这可能吗？

Answer 1

在

chordDiagram

你可以指定：

• scale = T

  轴从 0 到 1

• annotationTrack = c("name", "grid")

  为不生成x轴的函数（默认为

  annotationTrack = c("name", "grid", "axis")

  ）

circos.clear()
circos.par(gap.degree = 0.8)
chordDiagram(dat, transparency = 0.5, scale = T, annotationTrack = c("name", "grid"))

然后您可以使用

circos.xaxis

手动生成每个扇区的x轴：

for (i in 1:ncol(dat)) {
  circos.xaxis(sector.index = paste0("X", i), 
               major.at = seq(0, 1, .25), 
               minor.ticks = 0, 
               labels.cex = .5)
}