我无法在docker中加载sf

Question

我正在部署一个完全依赖于

sf

的应用程序（在 docker 上），但我在将其加载到 docker 时遇到问题：

FROM rocker/shiny

#Make a directory in the container
RUN mkdir /home/shiny-app

RUN R -e "install.packages('sf')"

RUN R -e "library('sf')"

COPY . /home/shiny-app/

这是我收到的错误消息。我不知道是什么导致了这个错误。大概是GDAL吧？ 我需要帮助来解决这个问题。

Answer 1

当您想要将 R 软件包添加到运行 R 的新操作系统时，您需要了解所需的任何底层操作系统软件包。在这种情况下，阅读

sf

的

DESCRIPTION

，我们看到

SystemRequirements: GDAL (>= 2.0.1), GEOS (>= 3.4.0), PROJ (>= 4.8.0), sqlite3

如何知道这些标签的含义并不总是直观的。您可能会在 Posit 的 Package Manager 上寻找有关此问题的提示，其中列出了 Ubuntu 22.04 上的以下操作系统要求（

rocker/shiny

基于此）。

apt-get install -y libgdal-dev
apt-get install -y gdal-bin
apt-get install -y libgeos-dev
apt-get install -y libproj-dev
apt-get install -y libsqlite3-dev
apt-get install -y libssl-dev
apt-get install -y libudunits2-dev

其中许多可能已经存在。

首先，让我重现一下问题：

$ docker built -t quux .
$ docker run -it --rm quux R --quiet
> library("sf")
Error: package or namespace load failed for ‘sf’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/units/libs/units.so':
  libudunits2.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory

根据经验，我知道 Jammy (22.04) 需要 R 的

sf

包中的这些包，请将这些行添加到您的

Dockerfile

中的某个位置：

# ...
RUN apt-get update && \
  apt-get install -y libproj22 libudunits2-0 libgdal30 && \
  rm -rf /var/lib/apt/lists/*
RUN R -e "install.packages('sf')"

备注：

1. 是否加入之前的

   apt

   和

   install.packages(..)

   命令取决于您。
2. 我鼓励您查看 https://docs.docker.com/develop/develop-images/instructions/ 了解“最佳实践”，尤其是在安装操作系统级软件包时，尝试平衡其与图像大小（因此

   rm -rf

   命令）。

现在可以使用了：

$ docker built -t quux .
$ docker run -it --rm quux R --quiet
> library("sf")
Linking to GEOS 3.10.2, GDAL 3.4.1, PROJ 8.2.1; sf_use_s2() is TRUE