ggsignif包错误stat_signif需要以下缺少美学：y

Question

这是我数据的发明示例：

x <- c("Control", "Case", "Case", "Case", "Control", "Control", "Control", "Case", "Case", "Case")
y <- c("Dead", "Dead", "Dead", "Alive", "Alive", "Dead", "Dead", "Dead", "Alive", "Dead")

我试图以条形图的形式表示这些数据，然后表明两个实验组（病例和对照组）中活着和死亡患者比例的统计学显着差异。我进行了Pearson的卡方检验，p值为4.674e-06。

这是我的情节代码：

library(ggsignif)

ggplot(data, aes(x = data$x,
             fill = data$y)) + 
geom_bar(aes(y = stat(count/sum(count))), position = position_dodge(0.9)) + 
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
ylim(c(0, 0.4)) +
labs(x = NULL, y = "Proportion", fill = NULL) +
scale_x_discrete(labels = c("Control", "Case")) +
geom_signif(comparisons = list(c("Control", "Case"), map_signif_level = TRUE))

但后来我得到：

Error: stat_signif requires the following missing aesthetics: y

有谁能告诉我为什么会这样，我该如何解决？

谢谢

Answer 1

如错误消息所示，geom_signif需要y美学，而您没有指定任何。

要么将y = stat(count/sum(count))从geom_bar移动到你的全球美学，要么将其添加到geom_signif的美学中。

接下来，修复你的美学：使用data$x和data$y而不是x和y。此外，你在geom_signif有一个错误：map_signif_level = TRUE需要在comparisons之外。

最后，geom_signif似乎无法在美学中使用计算统计数据。所以你需要预先计算这个统计数据，例如通过dplyr：

data %>%
    group_by(x) %>%
    count(y) %>%
    mutate(Freq = n / sum(n)) %>%
    ggplot() +
    aes(x, Freq, fill = y) +
    geom_col(position = position_dodge(0.9)) +
    geom_signif(
        comparisons = list(c("Control", "Case")),
        map_signif_level = TRUE
    )