使用R语言读取多个PDB文件？

Question

R 语言对单个蛋白质使用

read.pdb

文件。

p= read.pdb(D:/R/1XYZ.pdb)

我希望 R 从文件夹中读取多个 pdb 文件，然后存储它。有代码吗

Answer 1

如果您想将文件存储在变量中，以下内容可能会帮助您。如果您没有在 .pdb 文件的文件夹中运行 R，下面使用的

list.files

函数也可以采用“路径”参数。

pdbfiles <- list.files(pattern="*.pdb", full.names=TRUE) # Rerieving .pdb files
pdb <- lapply(pdbfiles, read.pdb) # Apply the 'read.pdb' function on each file

希望对您有帮助。

Answer 2

只是添加一个

tidyverse

答案：

library(tidyverse)

df <- list.files(pattern = ".pdb") %>%
  map(read.pdb) %>% 
  bind_rows()

Answer 3

您也可以这样做：

## load libraries
library(tidyverse)

## list files
files <- list.files(pattern = '.pdb')

## read files
df <- do.call(bind_rows, purrr::map(files, read.pdb, .progress = TRUE))