如何屏蔽 DICOM 图像？

Question

我只想分析从头部 CT 中提取的“骨骼”区域。

为此，我读取了 DICOM 文件和像素值小于 200 的屏蔽区域，并填入“0”。

但是，因为“0”在DICOM图像中是“水”的意思，所以我不知道这种方式是否合适。

import pydicom
import numpy as np

dcm_img = pydicom.dcmread("0000200.dcm")
dcm_arr = dcm_img.pixel_array
masked_arr = np.where(dcm_arr < 200, 0, dcm_arr)

Answer 1

从您的问题中您不太清楚您希望如何准确分析您的 CT 图像中的骨骼区域，因此很难提供量身定制的答案。不过，一般来说，我会 not 将图像中的值设置为零，因为——正如你所说的——CT 图像中的每个值都与特定的组织特性相关联。

相反，我可能会使用 masked 数组，屏蔽掉所有低于骨骼阈值的值，如下所示：

from numpy.ma import masked_array
...
masked_arr = masked_array(data=dcm_arr, mask=dcm_arr < 200)

或者，我可能会简单地创建一个布尔掩码，保留所有高于骨骼阈值的值（例如

is_bone = dcm_arr >= 200

），稍后我将在分析中使用它来过滤值。

在任何情况下，我都会尝试将掩码值和实际 CT 体素值分开。