recluster.cons函数和彩色树状图

Question

我使用recluster软件包的'recluster.cons'函数创建了树状图。我想知道如何通过此功能按组对树状图的分​​支着色。

tree <- recluster.cons(sp2, p=1)$cons # sp2 is a presence-absence matrix
plot(tree, direction="downwards")

这里是当前树状图：

Answer 1

您需要定义要从聚类中获取多少个聚类（如角质层），然后使用dendextend似乎是一个更简单的选择。首先，我模拟一个看起来像您的数据集：

library(recluster)
set.seed(222)
testdata = lapply(1:3,function(i){
truep = runif(200)
replicate(7,rbinom(200,size=1,prob=truep))
})
testdata = t(do.call(cbind,testdata))
rownames(testdata) = paste0(rep(letters[1:3],each=7),rep(1:7,3))

我们绘制了3个站点集群，因为它是这样模拟的：

tree <- recluster.cons(sp2, p=1)$cons # sp2 is a presence-absence matrix
plot(tree,direction="downwards")

然后给它上色：

dendextend
dend <- color_branches(as.dendrogram(tree),k=3)
plot(dend)