将用户arg传递给DESeq2函数

Question

我正在尝试使用命令行输入的参数在RScript中运行DESeq。我使用optparse来解析用户参数，并试图将设计参数传递给DESeqDataSetFromMatrix()函数。

我直接测试了这个功能，它完美地工作：

DESeq_tbl <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=counts_tbl,
colData=coldata, design=~taxonomy)

但是，如果我尝试传递变量opt$design（这是一个字符串=“〜分类法”），我会收到以下错误：

DESeq_tbl <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=counts_tbl,
colData=coldata, design=opt$design)

错误：$运算符对原子向量无效执行暂停

我已经尝试了noquote()，cat / paste的各种组合，并创建整个命令作为字符串传递给DESeqDataSetFromMatrix()函数，但没有任何工作。任何建议将不胜感激。

解决方案

感谢Ben Bolker在下面的回答，以下工作：

DESeq_tbl <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=counts_tbl,
colData=coldata, design=as.formula(opt$design))

Answer 1

我想你需要as.formula(opt$design)。

x <- "~taxonomy"
f <- ~taxonomy
str(f)
## Class 'formula'  language ~taxonomy
## ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEnv>
identical(f,as.formula(x)) ## TRUE