[使用rpy2从Python调用自定义函数

Question

有没有一种方法可以调用文件中定义的函数，例如myfunc.r

---------------myfunc.r --------------
myfunc = function(){
  return(c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10))
}

getname = function(){
  return("chart title")
}

---- Python 
   How to call getname() here ?

任何帮助将不胜感激吗？

Answer 1

rpy2中的某些功能应该比将对象转储到全局工作区中更清洁。

from rpy2.robjects.packages import STAP
# if rpy2 < 2.6.1 do:
# from rpy2.robjects.packages import SignatureTranslatedAnonymousPackage
# STAP = SignatureTranslatedAnonymousPackage
with open('myfunc.r', 'r') as f:
    string = f.read()
myfunc = STAP(string, "myfunc")

现在可以使用myfunc.myfunc和myfunc.getname访问R文件中的对象。

检查有关importing arbitrary R code as a package的文档（旧文档here）。

Answer 2

您可以执行以下操作（此处为python代码）

import rpy2.robjects as robjects
robjects.r('''
       source('myfunc.r')
''')

 r_getname = robjects.globalenv['getname']

然后您称呼它

r_getname()

Answer 3

我建议使用user3282437建议的here：

import rpy2.robjects as robjects
r_source = robjects.r['source']
r_source('/path_to_file/myfunc.R')
r_getname = robjects.globalenv['getname']

我不确定这是一个全球性问题，但在Windows计算机上建议使用agstudy之类的直接调用：

import rpy2.robjects as robjects
robjects.r('source("some_file.R")')

导致python崩溃。