使用MacOS终端在同一目录中的多个VCF文件上执行Plink

Question

我目前有许多VCF文件，我正在转换为plink格式。我是通过使用以下参数从终端运行plink来实现的。

./plink --vcf BH4_F3_F2.g.vcf.gz --recode --const-fid --allow-extra-chr --out BH4_F3_F2

然而，我需要在大约100个名称上运行此命令，例如，BH4_F3_F2.g.vcf.gz BH4_F2_F1.g.vcf.gz

有没有办法这样做而不必单独执行每个？

Answer 1

检查for循环语法。就像是

for vcf in *vcf
do
    ./plink --vcf "$vcf" --recode --const-fid --allow-extra-chr --out "$vcf.plink"
done