如何访问静态非脚本文件以在 nextflow 流程中使用

Question

如何确保在云上运行时，流程运行所需的文件（但不是脚本）在 nextflow 流程中可用？就我而言，这是要渲染的四开文档。

脚本可以存储在

bin

目录中，并将在运行时可用，但这些脚本可能可供所有进程使用，如果文件很大，这并不理想。

assets

目录可供启动器使用，但不适用于容器化进程，因此直接在模块中调用

"${projectDir}/assets"

是行不通的。文件可以嵌入到 docker 容器中，但是 conda 将无法工作，并且使用的文件将由 docker 容器而不是工作流源代码存储库决定。

Answer 1

解决方案是将文件存储在

assets/

目录中，在工作流程中创建一个使用

Channel.fromPath("${projectDir}/assets/my_folder_or_file", checkIfExists: true)

调用模块的通道，并修改模块以接受此作为输入。